Während des Zweiten Weltkriegs wurde Warschau zum Sitz eines der fünf Distrikte des Generalgouvernements degradiert. Diese quasi-staatliche Struktur, die üblicherweise als administrativ-territoriale Einheit bezeichnet wird, wurde am 26. Oktober 1939 gegründet. Diese Entscheidung sollte den Geist der Polen brechen und ihren Widerstand gegen die neuen deutschen Behörden schwächen. Warschau blieb jedoch weiterhin die Hauptstadt, diesmal des polnischen Untergrundstaates, in dem der Kampf der Polen gegen die Deutschen während der gesamten Besatzungszeit fortgesetzt wurde.
Warschau hatte während des Krieges rund 1,3 Millionen Einwohner, darunter etwa 370 Tausend Juden, die eine einzigartige Kultur schufen. Der durch die Stadt fließende Fluss Weichsel trennte die Stadt in zwei Teile, die durch drei Straßen- und zwei Eisenbahnbrücken miteinander verbunden waren. Die Stadtteile Warschaus unterschieden sich durch ihre Bebauung und den Grad der Industrialisierung, und die einzelnen Stadtviertel hatten ihren ganz eigenen Charakter.
Der organisierte und geheime Kampf gegen die Invasoren begann in der Hauptstadt vom 26. auf 27. September 1939, während die Feindseligkeiten noch andauerten. Damals wurde der Dienst für den Sieg Polens (poln. Służba Zwycięstwu Polski) von Brigadegeneral Michał Karaszewicz-Tokarzewski gegründet. Gleichzeitig begannen andere Untergrundorganisationen zu entstehen, die oft kleine Gruppen von Menschen zusammenführten. Im Jahr 1940 gab es schon bis zu hundert solcher Organisationen. Ihr Zweck war unter anderem die Durchführung politischer Aktivitäten und Bildungsmaßnahmen sowie die Organisation von Selbsthilfe. Auf diese Weise wurde Warschau zum größten konspirativen Zentrum des Generalgouvernements.
Antideutsche Aktivitäten wurden auch von der polnischen Gesellschaft auf eigene Faust unternommen. Dies war hauptsächlich passiver Widerstand. Er drückte sich in der Missachtung deutscher Befehle oder sogar in ihrer offenen Nichteinhaltung aus. Auch in den Fabriken organisierte man immer häufiger Sabotageaktionen. Diese Maßnahmen wurden im Rahmen der so genannten Aktion „Schildkröte”, die in langsamer und ineffizienter Arbeit bestand, durchgeführt.
Auch Jugendliche und Pfadfinder waren im Rahmen von Sabotageaktionen aktiv. Letztere beteiligte sich an kleinen Sabotageaktionen, die 1942 besonders häufig waren. Die Pfadfinderjugend war in der Organisation der kleinen Sabotage „Wawer”-„Palmiry” aktiv.
Mit der Zeit übernahmen die Untergrundorganisationen die Hauptrolle im Kampf gegen die Besatzer. Ihre Tätigkeit wurde weitgehend von der Regierungsdelegation für Polen (poln. Delegatura Rządu na Kraj) überwacht, die im Herbst 1940 gegründet wurde und der polnischen Exilregierung unterstand. Ihr beratendes Gremium war das Komitee der Politischen Verständigung (poln. Polityczny Komitet Porozumiewawczy), der im Januar 1944 in den Rat der nationalen Einheit (poln. Rada Jedności Narodowej) umgewandelt wurde. Die Rolle des bewaffneten Arms des polnischen Untergrundstaates wurde vom Hauptquartier des Verbandes für den bewaffneten Kampf – Heimatarmee übernommen.
Während der Besatzung wurden in Warschau etwa tausend verschiedene Aktionen durchgeführt. Viele von ihnen hatten einen geplanten Charakter, aber einige entpuppten sich als spontane Reaktion auf die Handlungen des Besatzers. Es ist erwähnenswert, dass letztere oft als Ergebnis der Verteidigung von Geheimdruckereien durchgeführt wurden, die von der Gestapo entdeckt wurden. Insgesamt kam es in Warschau in Zusammenhang mit solchen Ereignissen zu mehr als einem Dutzend bewaffneter Zusammenstöße mit dem Besetzer.
Es besteht kein Zweifel daran, dass der bewaffnete Kampf in Warschau in der Anfangszeit der Besatzung, d. h. bis zum Herbst 1942, einen defensiven Charakter hatte. Natürlich gab es eine allmähliche Entwicklung ihrer Formen, es gab sogar kleine Sabotageaktionen, hauptsächlich in Fabriken, in denen Waffen hergestellt wurden, aber darüber wurde in der Untergrundpresse nicht groß berichtet. Erst der zunehmende Terror der Besatzer und zahlreiche Verhaftungen sowie Vertreibungen, z. B. in der Region Zamość (Aktion Zamość), sowie zahlreiche Befriedungsaktionen in den Dörfern führten zu einem Umdenken in der Führung des polnischen Untergrundstaates in Bezug auf den bewaffneten Kampf. Diese Veränderungen führten zu einer Verbesserung der Kampfformen und -methoden, zu ihrer Spezialisierung und vor allem zu ihrer Intensivierung. Das Ergebnis dieser Maßnahmen war die Gründung von Kedyw — einer Organisationseinheit der Heimatarmee, die auf die Durchführung von Kampfhandlungen, Attentaten, Sabotage und Ablenkungsmanövern spezialisiert war, die sich gegen die deutsche Besatzungsverwaltung, die Sicherheitskräfte, die Polizei und die Armee des Dritten Reiches richteten. In der Hauptstadt verfügte die Kedyw über rund 2 500 Soldaten, die speziell für Sabotage und Ablenkung ausgebildet waren.
Die Überarbeitung der Strategie im Kampf gegen die Deutschen führte zu immer häufigeren Angriffen polnischer Untergrundgruppen auf die Eisenbahntransporte der Besatzer (z. B. Aktion „Wieniec” — 7./8. Oktober 1942). Der polnische Untergrund beschloss auch, individuellen Terror gegen Vertreter des Verwaltungs- und Sicherheitsapparats des Generalgouvernements einzusetzen. Auch die Spitzel wurden liquidiert. Großes Aufsehen erregte die Ermordung des Befehlshabers der SS und der deutschen Polizei, SS-Brigadenfürer Franz Kutschera. Darüber hinaus wurden auch Enteignungsmaßnahmen getroffen. Am 11. August 1943 beispielsweise erbeutete eine Truppe der Diversionsleitung (Kedyw) des Hauptquartiers der Heimatarmee eine Geldsendung, die von der Emissionsbank transportiert wurde. Auf diese Weise wurden 105 Millionen PLN für den Untergrund beschaffen.
Darüber hinaus erwiesen sich die Maßnahmen zur Befreiung von Gefangenen als wichtig. Mehr als ein Dutzend solcher Aktion wurden in der Hauptstadt durchgeführt. Die berühmteste Aktion fand am 26. März 1943 in der Nähe des Arsenals statt, bei der 21 Gefangene, die von Schuch-Allee nach Pawiak transportiert wurden, befreit wurden.
Eine entscheidende bewaffnete Aktion im April 1943 wurde auch von den im Warschauer Ghetto verbliebenen Juden durchgeführt. Ihr Problem, wie auch das des gesamten polnischen Untergrunds, war jedoch der notorische Mangel an Rüstungsgütern. Sie wurden aus alliierten Luftabwürfen gewonnen, vom Feind erbeutet und auf dem Schwarzmarkt gekauft.
Der Höhepunkt des Kampfes des polnischen Untergrundstaates und der polnischen Gesellschaft war der Warschauer Aufstand von 1944.