W czasie drugiej wojny światowej Warszawa została zdegradowana do roli siedziby jednego z pięciu dystryktów Generalnego Gubernatorstwa. Ten quasi-państwowy twór, zwany najczęściej jednostką administracyjno-terytorialną, powstał 26 października 1939 r. Decyzja ta miała złamać ducha Polaków i osłabić ich opór wobec nowych władz niemieckich. Warszawa jednak nadal pełniła rolę stolicy, tym razem Polskiego Państwa Podziemnego, w którym przez cały okres okupacji toczyła się walka Polaków z Niemcami.
Warszawę w czasie wojny zamieszkiwało około 1,3 mln mieszkańców, w tym około 370 tys. Żydów, którzy tworzyli unikalną kulturę. Przepływająca przez miasto rzeka Wisła rozdzielała miasto na dwie części, które były połączone trzema mostami drogowymi i dwoma kolejowymi. Części Warszawy różniły się między sobą zabudową i stopniem uprzemysłowienia, a poszczególne dzielnice miały swój niepowtarzalny charakter.
Zorganizowana i konspiracyjna walka z najeźdźcą rozpoczęła się w stolicy z 26 na 27 września 1939 r., w czasie gdy trwały jeszcze działania wojenne. Wówczas powstała Służba Zwycięstwu Polski powołana do życia przez gen. bryg. Michała Karaszewicza-Tokarzewskiego. Równocześnie zaczęły powstawać inne organizacje konspiracyjne, często zrzeszające małe grupy ludzi. W 1940 r. działało ich aż około stu. Ich celem było m.in. prowadzenie działalności politycznej, oświatowej, organizowanie samopomocy. W ten sposób Warszawa stała się największym ośrodkiem konspiracyjnym w Generalnym Gubernatorstwie.
Antyniemieckie działania podejmowało również na własną rękę polskie społeczeństwo. Był to głównie bierny opór. Wyrażał się on w lekceważeniu niemieckich zarządzeń lub nawet w ich jawnym niewykonywaniu. Coraz powszechniej stosowano również sabotaż w fabrykach. Te działania prowadzono w ramach tzw. akcji żółw, która polegała na powolnej i mało wydajnej pracy.
W kierunku działań sabotażowych aktywizowała się także młodzież i harcerze. Ci ostatni zaangażowali się w małe akcje sabotażowe, które dały o sobie znać szczególnie w 1942 r. Młodzież harcerska działała w ramach Organizacji Małego Sabotażu „Wawer”-„Palmiry”.
Z czasem główną rolę w walce z okupantem zaczęły odgrywać przede wszystkim organizacje konspiracyjne. Ich aktywność w dużej mierze zależała od powstałej jesienią 1940 r. Delegatury Rządu na Kraj, która podlegała rządowi polskiemu na uchodźstwie. Jej organem doradczym był Polityczny Komitet Porozumiewawczy, a od stycznia 1944 r. Rada Jedności Narodowej. Rolę ramienia zbrojnego Polskiego Państwa Podziemnego pełniła zaś Komenda Główna Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej.
Podczas okupacji w Warszawie przeprowadzono około tysiąc różnorodnych akcji. Wiele z nich miało zaplanowany charakter, jednak część okazała się spontaniczną reakcją na działania okupanta. Warto wspomnieć, że często te ostatnie wywiązywały się na skutek obrony wykrytych przez Gestapo tajnych drukarń. Łącznie na terenie Warszawy doszło w takich okolicznościach do kilkunastu starć zbrojnych z okupantem.
Nie ulega wątpliwości, że w początkowym okresie okupacji, tj. do jesieni 1942 r., walka zbrojna w Warszawie miała charakter defensywny. Oczywiście następował stopniowy rozwój jej form, pojawiały się nawet małe akcje dywersyjne, głównie w fabrykach, gdzie produkowano broń, lecz nie informowano o tym szeroko społeczeństwa w podziemnej prasie. Dopiero nasilający się terror okupanta i liczne aresztowania, a także wysiedlenia np. na Zamojszczyźnie (Aktion Zamosc), jak też liczne akcje pacyfikacyjne na wsiach doprowadziły do reorientacji poglądów kierownictwa Polskiego Państwa Podziemnego w zakresie walki zbrojnej. Efektem tych zmian było doskonalenie form i metod walki, ich specjalizacja, a przede wszystkim ich intensyfikacja. Działania te zaowocowały powstaniem Kedywu – komórki organizacyjny AK specjalizującej się w przeprowadzaniu akcji bojowych, zamachów, sabotażu oraz dywersji, które były wymierzone w niemiecką, administrację okupacyjną, siły bezpieczeństwa, policję oraz wojsko III Rzeszy. W stolicy Kedyw liczył około 2,5 tys. specjalnie wyszkolonych w sabotażu i dywersji żołnierzy.
Rewizja strategii walki z Niemcami spowodowała, że coraz częściej pojawiały się uderzenia polskich grup konspiracyjnych na transport kolejowych okupanta (np. Akcja „Wieniec” – 7/8 października 1942 r.). Polskie podziemnie zdecydowało się również stosować terror indywidualny wobec przedstawicieli aparatu administracyjnego i bezpieczeństwa Generalnego Gubernatorstwa. Likwidowano także konfidentów. Powszechny rozgłos wywołał szczególnie zamach na dowódcę SS i policji niemieckiej SS-Brigadenfürera Franza Kutscherę. W grę wchodziły ponadto akcje ekspropriacyjne. Przykładowo 11 sierpnia 1943 r. oddział Kedywu Komendy Głównej AK opanował transport pieniędzy przewożonych z Banku Emisyjnego. Tą drogą udało się pozyskać dla podziemia 105 mln zł.
Ponadto ważne okazały się akcje odbijania więźniów. Zorganizowano ich kilkanaście w stolicy. Najsłynniejszą była ta przeprowadzona pod Arsenałem – 26 marca 1943 r. W jej wyniku odbito 21 więźniów przewożonych z Alei Szucha na Pawiak.
Zdecydowaną akcję zbrojną w kwietniu 1943 r. podjęli również pozostali przy życiu w getcie warszawskim Żydzi. Ich problemem, jak też całej polskiej konspiracji, był jednak notoryczny brak uzbrojenia. Pozyskiwano go ze zrzutów alianckich, zdobywano na wrogu i kupowano na czarnym rynku.
Kulminacją walk Polskiego Państwa Podziemnego i społeczeństwa polskiego było powstanie warszawskie 1944 r.