Feliks Koneczny wurde am 1. November 1862 in Krakau als Sohn einer tschechischen Familie mährischer Herkunft geboren. Interessanterweise schloss der spätere Historiker und Schöpfer des originellen Zivilisationskonzepts das St.-Anna-Gymnasium in Krakau nicht, weil er in Geschichte durchfiel.

Er setzte seine Ausbildung am St. Jacek-Gymnasium fort. Nach dem Abitur schloss er sein Studium an der Jagiellonen-Universität ab, wo er 1888 mit einer Arbeit zum Thema „Die frühesten Beziehungen des Livlands zu Polen bis 1339” promovierte. Anschließend arbeitete er an der Jagiellonen-Bibliothek. Nach der Wiedererlangung der Unabhängigkeit Polens im Jahr 1919 wurde er Vertretungsprofessor an der Stefan-Batory-Universität Vilnius, und ein Jahr später habilitierte er sich an der Jagiellonen-Universität in der Geschichte Osteuropas auf der Grundlage der dreibändigen Arbeit „Geschichte Russlands”. In den folgenden zehn Jahren leitete Koneczny den Lehrstuhl für osteuropäische Geschichte in Vilnius. Auch im Ruhestand widmete er sich ganz der wissenschaftlichen und journalistischen Arbeit. Sein wissenschaftliches Werk besteht aus Dutzenden von Abhandlungen und Hunderten von Artikeln und Rezensionen zu wichtigen Themen der polnischen Geschichte.

Berühmt wurde Koneczny als Schöpfer einer eigenen historiosophischen Geschichtskonzeption, die in seinen wichtigsten Werken zum Ausdruck kommt: Polnischer Logos und Ethos, Gesetze der Geschichte, Um der Ordnung in der Geschichte willen, Jüdische Zivilisation, Byzantinische Zivilisation und Über die Vielfalt der Zivilisationen. In seinem Konzept zeigte Koneczny die Rolle des Katholizismus für die Identität Europas auf und wies Polen eine wichtige Rolle zu. Als Gegenpol zur lateinischen Zivilisation stellte er die turanische Zivilisation vor, ein für Asien, einschließlich Russland, charakteristisches System der Gewaltherrschaft ohne Nationalgefühl und geistige Werte. Obwohl Koneczny keine eigene Schule gründete und keine Schüler hinterließ, die sein Denken konsequent weiterführten, war er mit seinem historiosophischen Konzept und dessen Wurzeln in der lateinischen Zivilisation in den wissenschaftlichen Kreisen Westeuropas sehr beliebt.

Koneczny verlor während des Zweiten Weltkriegs zwei Söhne und wurde zum Vormund zweier minderjähriger Enkelkinder. Er starb am 10. Februar 1949 in einer Zeit des zunehmenden Stalinismus. Aufgrund seiner kritischen Haltung gegenüber den in Polen herrschenden Kommunisten nahmen weder die Behörden der Jagiellonen-Universität noch der Jagiellonen-Bibliothek an der Beerdigung des Historikers teil.