בזמן מלחמת העולם השנייה, ורשה הורדה לתפקיד בירת אחד מחמשת המחוזות של הממשל הכללי. יצירת קוואזי-מדינה זו, המכונה בדרך כלל יחידה מנהלית-טריטוריאלית, הייתה ב-26 באוקטובר 1939. החלטה זו נועדה לשבור את רוחם של הפולנים ולהחליש את התנגדותם לשלטונות הגרמניים החדשים. עם זאת, ורשה המשיכה לשמש כבירה, רק הפעם של מדינת המחתרת הפולנית, שם נמשך מאבק הפולנים בגרמנים לאורך כל הכיבוש.
ורשה בתקופת המלחמה אכלסה כ-1.3 מיליון תושבים, כולל כ-370,000 יהודים, שיצרו תרבות ייחודית. נהר הוויסלה הזורם בעיר הפריד אותה לשני חלקים, שהיו מחוברים ביניהם בשלושה גשרי כביש ושני גשרי רכבת. חלקי ורשה היו שונים במבנים ובמידת התיעוש שלהם, ולמחוזות השונים היה אופי ייחודי משלהם.
המאבק המאורגן והמחתרתי נגד הפולשים החל בבירה בין ה-26 ל-27 בספטמבר 1939, בעוד הלחימה עדיין מתנהלת. אז הוקם השירות לניצחון פולין על ידי בריגדיר-גנרל מיקל קרשביץ'-טוקשבסקי. במקביל, החלו לצוץ ארגוני מחתרת אחרים, שלעתים קרובות הפגישו קבוצות קטנות של אנשים. ב-1940 היו פעילים עד 100 מהם. מטרתם הייתה לבצע פעילות פוליטית וחינוכית, ולארגן עזרה עצמית. בדרך זו הפכה ורשה למרכז המחתרתי הגדול ביותר בממשל הכללי.
פעילות אנטי-גרמנית בוצעה גם על ידי החברה הפולנית בכוחות עצמה. זו הייתה בעיקר התנגדות פסיבית. זה התבטא בהתעלמות מהפקודות הגרמניות ואפילו באי ציות גלוי. גם חבלה במפעלים הייתה נפוצה יותר ויותר. פעילויות אלו בוצעו במסגרת מה שנקרא פעולת צב, אשר כללה עבודה איטית ולא יעילה.
גם צעירים וצופים הפכו פעילים בפעילות חבלה. האחרונים היו מעורבים בפעולות חבלה קטנות, במיוחד בשנת 1942. הנוער הצופה היה פעיל בארגון החבלה הקטנה "וואוור"-"פלמירי".
עם הזמן, התפקיד העיקרי במאבק נגד הכובשים החל להתבצע בעיקר על ידי ארגוני מחתרת. פעילותם הייתה תלויה במידה רבה במשלחת הממשלתית של פולין (Delegatura Rządu na Kraj), שהוקמה בסתיו 1940 והייתה כפופה לממשלת פולין בגלות. הגוף המייעץ שלה היה הוועדה המייעצת הפוליטית, ומינואר 1944 מועצת האחדות הלאומית. תפקיד הזרוע הצבאית של מדינת המחתרת הפולנית בוצע על ידי המטה של איחוד המאבק המזוין-צבא הבית.
במהלך הכיבוש בוצעו בוורשה כאלף פעולות שונות. רבות מהן תוכננו, אך חלקן התבררו כתגובות ספונטניות למעשי הכובשים. ראוי להזכיר שלעתים תכופות התעוררו האחרונים כתוצאה מההגנה על בתי דפוס סודיים שהתגלו על ידי הגסטפו. בסך הכל, יותר מתריסר עימותים מזוינים עם הכובשים התרחשו בשטח ורשה בנסיבות כאלה.
אין ספק שבתקופה הראשונית של הכיבוש, כלומר עד סתיו 1942, המאבק המזוין בוורשה היה בעל אופי הגנתי. כמובן, חלה התפתחות הדרגתית של צורותיו, היו אפילו פעולות הסחה קטנות, בעיקר במפעלים לייצור נשק, אבל זה לא דווח לציבור בעיתונות המחתרתית. רק התגברות הטרור של הכובשים ומעצרים רבים, כמו גם גירושים, למשל באזור זמוישצ'יזנה (Aktion Zamosc), כמו גם פעולות השתקה רבות באזורים הכפריים, הובילו לכיוון מחדש של דעות הנהגת מדינת המחתרת הפולנית בנוגע למאבק המזוין. שינויים אלו הביאו לשיפור צורות ודרכי הלחימה, התמחותן ובעיקר התעצמותן. פעולות אלו הביאו להקמת ה-Kedyw – יחידה ארגונית של צבא הבית המתמחה בביצוע פעולות לחימה, חיסולים, חבלה והסחות, אשר כוונו למינהל הכיבוש הגרמני, לכוחות הביטחון, למשטרה ולצבא הרייך השלישי. בבירה מנו ה-Kedyw כ-2,500 חיילים שהוכשרו במיוחד בחבלה והסחה.
השינוי באסטרטגיית הלחימה בגרמנים הביא פשיטות תכופות יותר ויותר של קבוצות מחתרת פולניות על תעבורת הרכבת של הכובש (למשל פעולהWieniec" " 7-8 באוקטובר 1942). המחתרת הפולנית החליטה גם להשתמש בטרור אישי נגד נציגי המנגנון המנהלי והביטחוני של הממשל הכללי. גם משתפי פעולה חוסלו. בפרט, ההתנקשות במפקד ה-SS והמשטרה הגרמנית, ה-SS-Brigadenfürer פרנץ קוטצ'רה גרם לפרסום נרחב. בנוסף, עמדו על כף המאזניים גם פעולות הפקעה. לדוגמה, ב-11 באוגוסט 1943, מחלקת kedyw של מפקדת צבא הבית תפסה הובלה של כסף שהועבר מבנק הפליטה. כך הושגו למחתרת 105 מיליון זלוטי.
בנוסף, פעולות ללכידת אסירים מחדש התגלו כחשובות. יותר מתריסר מהם אורגנו בבירה. המפורסמת ביותר בוצעה ליד הארסנל – ב-26 במרץ 1943. כתוצאה מכך, 21 אסירים נלכדו מחדש בזמן שהועברו מאלייה שוצ'ה לפאביאק.
פעולה מזוינת נחושה בוצעה באפריל 1943 גם על ידי היהודים שנותרו בחיים בגטו ורשה. אולם הבעיה שלהם, כמו גם זו של המחתרת הפולנית כולה, הייתה המחסור הגדול בנשק. הוא הושג מהצנחות של בעלות הברית, נגנב מהאויב ונקנה בשוק השחור.
שיאו של המאבק של מדינת המחתרת הפולנית והחברה הפולנית היה מרד ורשה ב-1944.