Die Geschichte der Route Krakau-Vilnius reicht bis ins Mittelalter zurück. Könige, Diplomaten, Ritter, Priester, Gelehrte, Künstler, Beamte und Kaufleute durchquerten sie. Als wichtigste Straße durch das Gebiet eines gemeinsamen Staates verband sie nicht nur Polen und Litauen miteinander. Außerdem wurde sie zu einer der wichtigsten Routen der damaligen Welt, die den Westen mit dem Osten verband.
Im Jahr 1383 erteilte der Großfürst von Litauen Jogaila in Vilnius den Lubliner Kaufleuten das Privileg, zu Handelszwecken frei nach Litauen einzureisen. Schon bald ebneten gegenseitige Boten den Weg für eine polnisch-litauische Union. Im Jahr 1386 machte sich Jagiełło von Vilnius aus auf den Weg nach Krakau. Nachdem er die polnisch-litauische Grenze überquert hatte, kam er in Lublin an, wo er von polnischen Rittern unterstützt wurde. Mit seinem Gefolge begab er sich in die damalige Hauptstadt Polens, wo er nach seiner katholischen Taufe und der Hochzeit mit Königin Jadwiga die versprochene Krone des Königreichs Polen erhielt. Mit dieser Reise begann die Blütezeit der Route, die die Hauptstädte Polens und Litauens verbindet und nach dem Gründer der Jagiellonen-Dynastie benannt ist.
Es war auch der Beginn der Bemühungen um die Schaffung eines gemeinsamen polnisch-litauischen Staates, die mit der 1569 auf der Burg in Lublin geschlossenen Union von Lublin gekrönt wurden. Die Union war eine innovative und dauerhafte Errungenschaft des rechtlichen und politischen Denkens, die auf republikanischen Werten, Toleranz und der Verteidigung gegen Feinde (insbesondere Moskau) beruhte. Von da an hatten beide Länder einen einzigen Herrscher, eine gemeinsame Generalversammlung, eine gemeinsame Verteidigungs- und Außenpolitik und eine gemeinsame Währung. Der gemeinsame Staat wurde von Polen, Litauern, Ruthenen, Juden, Armeniern, Tataren, Schotten und Deutschen bewohnt.
Im Jahr 1570 wurde in Venedig eine Karte der damaligen Republik Polen-Litauen von Andrzej Pograbka veröffentlicht. Sie zeigt eine Linie, die Krakau mit Vilnius verbindet. Die Analyse historischer Quellen ermöglichte es, verschiedene Varianten der über zwei Jahrhunderte beliebten Route zu rekonstruieren (die alle durch Lublin führten).
Der Niedergang der altpolnischen „Autobahn” wurde durch die Verlegung der Hauptstadt Polens nach Warschau im Jahr 1611 eingeleitet. Dennoch spielte der Jagiellonen-Trakt eine Schlüsselrolle im Prozess der Integration von Polen und Litauen. Heute ist Via Jagiellonica als internationale Touristenroute wieder von Interesse. An ihren Enden — in Krakau und Vilnius — befinden sich historische Stadtkomplexe, die auf der UNESCO-Liste stehen.