Von dem Moment an, als die deutsche Zivilverwaltung die Herrschaft in Płock übernahm, begann die brutale Verfolgung der Juden. Die Synagoge wurde in eine Autowerkstatt umgewandelt und der alte und der neue Friedhof wurden verwüstet. Die Matzewot wurden zur Herstellung von Pflastersteinen verwendet. Auch die Plünderung des jüdischen Privateigentums ging weiter. Zu dieser Zeit wurde die Stadt Teil des Regierungsbezirks Zichenau (polnisch Ciechanów) — Ostpreußen, und die Deutschen nannten Płock Schröttersburg.
Die Situation verschlechterte sich, als am 1. September 1940 in Płock ein Ghetto eingerichtet wurde. Etwa 10.000 Juden waren dort eingesperrt. Es kam zu zahlreichen Terrorakten und Hinrichtungen. Die Deutschen waren besonders hartnäckig bei der Beseitigung der älteren Juden in der Stadt und ihrer Umgebung. Auf diese Weise bereiteten sie sich auf die große Deportation von Juden aus der Stadt vor, die unter dem Decknamen „Tempo“ bekannt war. Sie wurde von der Umwandererzentralstelle in Berlin beaufsichtigt. Eine große Volkszählung der jüdischen Bevölkerung war im Gange.
Damit die alten Menschen bei der Deportation nicht zur Last fielen, wurden Ende 1940 zunächst die Bewohner des jüdischen Altersheims ermordet. Dann legte der Judenrat von Płock auf Befehl der Deutschen eine Liste mit alten, kranken und gebrechlichen Menschen vor. Sie wurden wahrscheinlich im Brwilski-Wald, etwa 10 km von der Stadt entfernt, ermordet. Sieben Juden, die im Pflegeheim der Passionistenschwestern behandelt wurden, wurden dort ebenfalls hingerichtet.
Die deutschen Besatzer begannen die Deportationen mit den Polen. Sie dauerten von Februar bis Mai 1940, aber ein Jahr später, am 17. Februar 1941, wurden rund 5.000 Polen auf einmal aus der Stadt vertrieben. Sie wurden in das Umsiedlungslager in Działdowo gebracht.
Einige Tage später, in der Nacht vom 20. auf den 21. Februar 1941 begann die Vertreibung aus dem Ghetto von Płock. Die jüdische Bevölkerung wurde verprügelt und in Lastwagen gepfercht. Viele Menschen hatten keine Zeit, sich umzuziehen, und denjenigen, die sich auf der Flucht ihr Gepäck schnappten, wurde es am Eingang der Lastwagen weggenommen. Die Kranken und Behinderten wurden von der SS an Ort und Stelle getötet.
Die erste Deportation umfasste etwa 4.000 Juden. Wie die Polen wurden auch sie in das Lager in Działdowo gebracht. Nach seiner Liquidierung schickten die Deutschen die Juden aus Płock in den Bezirk Radom. Sie wurden dort in 20 Städten untergebracht. Sie alle starben im Holocaust.