מאז שהממשל האזרחי הגרמני השתלט על הממשלה בפלוק, החלו רדיפות אכזריות של יהודים. בית הכנסת בעיר הפך למוסך, בית הקברות הישן והחדש נחרבו והמצבות שימשו לייצור אבני ריצוף. יתרה מזאת, החלה בזיזה של רכוש יהודי פרטי. באותה תקופה נכללה העיר ברגיירונגסבזירק זיכנאו (מחוז צייצ'נוב) – מזרח פרוסיה, והגרמנים קראו לפלוק – שרוטרסבורג.

המצב החמיר כאשר ב-1 בספטמבר 1940 הוקם גטו בפלוק, ונכלאו בו כ-10,000 יהודים. החלו פעולות טרור והוצאות להורג רבות. באכזריות מיוחדת נפטרו הגרמנים מהיהודים הזקנים בעיירה ובסביבתה. לשם כך הם יזמו את הגירוש הגדול של היהודים, הידוע בשם "טמפו". הוא פוקח על ידי ה-Umwandererzentralstelle (מרכז יישוב מחדש) בברלין. אז החל מפקד האוכלוסיה היהודית.

כדי למנוע מהקשישים להיות נטל במהלך הגירוש, בסוף 1940 נרצחו כל דרי בית האבות היהודי. לאחר מכן, בהוראת הגרמנים, הציג היודנראט של פלוק רשימה של זקנים, חולים וחלשים. הם נלקחו ונרצחו כנראה ביערות ברבילסקי, כ-10 ק"מ מהעיר. שם הוצאו להורג גם 7 יהודים שטופלו במוסד הטיפולי של קהילת הנזירות הפסיוניות.

הכובש הגרמני החל את היישוב מחדש מפולנים. זה נמשך מפברואר עד מאי 1940, אך שנה לאחר מכן, ב-17 בפברואר 1941, גורשו מהעיר כ-5,000 פולנים בבת אחת. הם נשלחו למחנה היישוב מחדש בדז'יאלדובו.

מספר ימים לאחר מכן, בלילה שבין 20 ל-21 בפברואר 1941, החל גירוש גטו פלוק. האוכלוסייה היהודית הוכתה והוכנסה למשאיות. אנשים רבים לא הספיקו להתלבש, ואלו שתפסו את המזוודות בריצה נאלצו להשאירן מאחור. חיילי ה-SS הרגו על המקום את כל האנשים שהיו חולים ונכים.

העקירה הראשונה כללה כ-4,000 יהודים. בדיוק כמו הפולנים בעבר, הם נלקחו למחנה בדז'יאלדובו. לאחר חיסולו הפנו הגרמנים את יהודי פלוק לאזור ראדום ושלחו אותם ל-20 מקומות שונים. כולם מתו בשואה.