Der 1951 in Krakau geborene Henryk Halkowski lernte die Geschichte der Krakauer Juden, insbesondere der von Kazimierz, schon in jungen Jahren durch seinen Großvater kennen. Dessen Erzählungen stärkten seine Verbundenheit mit der jüdischen Tradition und beeinflussten sein Interesse an diesem Thema in seinem Erwachsenenleben. Er schrieb mit Leidenschaft und Talent über polnische Juden.
Halkowski wurde in einer jüdischen Familie geboren. Seine Mutter Salomea war eine Nachfahrin von Hersch Baruch Engelberg, dem Besitzer einer Buchhandlung in Tarnobrzeg, und sein Vater Stanisław Halkowski (Salomon Hauchman), der aus Łódź stammte, vertrat die Tradition der Kaufleute. Seine Mutter überlebte als Exilantin den Zweiten Weltkrieg in Sibirien, während sein Vater, der in 12 deutschen Konzentrationslagern inhaftiert war, den Holocaust überlebte. Der junge Halkowski wurde zu Ehren seiner Großeltern Henryk genannt.
Nach dem Besuch des König-Jan-III.-Sobieski-Lyzeums in Krakau studierte Halkowski Architektur an der Technischen Universität Krakau. Parallel dazu nahm er ein Philosophiestudium an der Jagiellonen-Universität auf, das er 1986 mit dem Magistertitel abschloss.
Während seines Philosophiestudiums reiste er 1981 nach Israel und versuchte 8 Monate lang, Hebräisch zu lernen. Während dieser Zeit arbeitete er in einem Kibbuz. Diese Reise stärkte seine Verbundenheit mit der jüdischen Geschichte und Kultur.
In der zweiten Hälfte der 1980er Jahre beteiligte er sich aktiv an der Arbeit der Krakauer Niederlassung der Sozial-Kulturellen Gesellschaft der Juden in Polen (Towarzystwo Społeczno-Kulturalne Żydów w Polsce) und an den Aktivitäten der 1993 gegründeten Jüdischen Gemeinde in Krakau. Er arbeitete auch mit der Lauder-Stiftung zusammen. Seine Aktivitäten trugen zur Gründung des Jüdischen Kulturfestivals in Krakau im Jahr 1988 bei.
Ab Ende der 1990er Jahre erschienen seine wichtigsten historischen Werke über Krakau, das jüdische Kazimierz und die jüdische Tradition und Kultur. Die bekanntesten Werke waren „Legenden aus der jüdischen Stadt Kazimierz bei Krakau” und dann „Juden in Krakau. 700 Jahre Geschichte”, sowie „Das Jüdische Krakau. Sagen und Menschen”. Die historische Tätigkeit wurde von journalistischer Arbeit begleitet. Dieser Nachlass wurde zum Vorwand für den berühmten Ausspruch: „Es gäbe kein Krakau ohne Henryk Halkowski und keinen Henryk Halkowski ohne Krakau”.
Halkowski war auch ein Kenner der Idee von Abraham Joshua Heschel und war der erste in Polen, der dessen Bücher aus dem Englischen ins Polnische übersetzte.
Der unermüdliche Vermittler der jüdischen Geschichte und Kultur starb am 1. Januar 2009 plötzlich an einem Herzinfarkt in Krakau und hinterließ einen reichen Nachlass, der zahlreiche Werke verschiedener Art zu diesem Thema umfasst.