Am 14. Juni 1940 traf der erste Häftlingstransport aus dem besetzten Tarnów in dem von den Deutschen eingerichteten Konzentrationslager (KL) Auschwitz ein. Dieses Datum gilt als der Beginn des Funktionierens der Todesmaschine an diesem Ort. Seit 2006 wird der 14. Juni als nationaler Gedenktag für die Opfer der deutschen Konzentrations- und Vernichtungslager begangen.
Im September 1939 wurde Polen zum Ziel eines gemeinsamen Angriffs von Deutschland und der Sowjetunion. Das Endergebnis der Zusammenarbeit dieser beiden Länder war die Aufteilung des polnischen Territoriums zwischen den beiden Aggressoren, die schließlich am 28. September 1939 festgelegt wurde. Damals schlossen das Dritte Reich und die Sowjetunion einen Vertrag, der den Verlauf der gemeinsamen Grenze regelte. Beide Invasoren unternahmen in enger Abstimmung auch Aktionen, die auf die Vernichtung der polnischen Elite und der Strukturen des polnischen Widerstands, die sich bereits Ende September 1939 gebildet hatten, abzielten.
Schon vor dem Überfall auf Polen am 1. September 1939 hatten die Deutschen Proskriptionslisten mit Personen erstellt, die als „Reichsfeinde” eingestuft wurden. Diese Menschen wurden von speziell gebildeten Einsatzgruppen verhaftet, die hinter den Reihen der in Polen einmarschierenden deutschen Armee operierten. Die Befehlshaber dieser Gruppen hatten auf Anweisung von Adolf Hitler selbst das Recht, über ihre sofortige Hinrichtung zu entscheiden. Auf den Proskriptionslisten standen u. a. die Teilnehmer der schlesischen Aufstände und des Großpolnischen Aufstands. Man geht davon aus, dass die deutschen Einsatzgruppen im September und Oktober 1939 über 600 Hinrichtungen durchführten, bei denen mindestens 15.000 Menschen ermordet wurden.
Im Frühjahr 1940 begannen die Deutschen mit der nächsten Phase der Vernichtung im Rahmen der AB-Aktion, in deren Folge von Mai bis Juli desselben Jahres mehrere tausend Angehörige der polnischen gesellschaftlichen und politischen Elite ermordet wurden.
Noch Ende 1939 wiesen die deutschen Behörden des Regierungsbezirks Kattowitz SS-Chef Heinrich Himmler darauf hin, dass es auf ihrem Gebiet nicht genügend Haftplätze für Polen gab. Bald wurde beschlossen, dort ein Konzentrationslager zu errichten. Einer der ausgewählten Orte war Oświęcim (Auschwitz), das in das Gebiet des Dritten Reiches eingegliedert wurde. Die Gebäude der polnischen Vorkriegskaserne, die von der Wehrmacht ab September 1939 als provisorisches Lager für Kriegsgefangene genutzt wurde, wurden zu diesem Zweck umgebaut. Neben der bestehenden Infrastruktur waren auch die Lage von Auschwitz und die Möglichkeit, die Bahnlinie für den Transport künftiger Häftlinge zu nutzen, von entscheidender Bedeutung. Im April 1940 traf eine Kommission unter der Leitung von SS-Hauptsturmführer Rudolf Höß, dem Leiter des Lagers Sachsenhausen, vor Ort ein. Sie prüfte die Möglichkeit, den vorgeschlagenen Standort als Hinrichtungsstätte zu nutzen. Nach Erhalt des Berichts ordnete Himmler sofort die Einrichtung eines Konzentrationslagers an und ernannte Rudolf Höß zu dessen Kommandanten. Höß begann bereits am 1. Mai 1940 mit den Vorbereitungen für die Einrichtung des Lagers. Weniger als drei Wochen später, am 20. Mai, traf der erste Häftlingstransport aus Sachsenhausen ein, der aus mehreren Dutzend deutschen Straftätern bestand. Später dienten sie als Hilfskräfte für das Lagerpersonal und behandelten ihre Mitgefangenen oft grausam.
Am 14. Juni 1940 traf der erste Transport mit 728 Häftlingen aus dem besetzten Tarnów in Auschwitz ein. Sie erhielten Lagernummern von 31 bis 758, darunter Personen, die im Rahmen der AB-Aktion und bei Razzien verhaftet wurden, sowie die Mitglieder von Untergrundorganisationen, die sich im Aufbau befanden. Der jüngste der Neuankömmlinge, Stanisław Ryniak, war fünfzehn Jahre alt. Einer der Neuankömmlinge in diesem Transport war Bronisław Czech, ein 24-facher polnischer Skimeister, der von den Deutschen wegen Untergrundaktivitäten verhaftet wurde. Als die polnische Gruppe das Lager erreichte, hörte sie von SS-Hauptsturmführer Karl Fritzsch diese Worte: „Ihr seid hier nicht in ein Sanatorium gekommen, sondern in ein deutsches Konzentrationslager, aus dem es keinen anderen Ausgang gibt als den durch den Schornstein. Falls das jemandem nicht gefallen sollte, so kann er gleich in den Drahtzaun gehen. Falls im Transport Juden sein sollten, so haben diese kein Recht länger als zwei Wochen zu leben, falls Priester darunter sind, können diese einen Monat leben, der Rest nur drei Monate”.
Im März 1941, nach der Inspektion von Auschwitz durch Heinrich Himmler, wurde beschlossen, das Lager so zu erweitern, dass es mindestens 30.000 Häftlinge aufnehmen konnte. Darüber hinaus sollte im nahe gelegenen Dorf Brzezinka (Birkenau) ein Lager für 100.000 Kriegsgefangene errichtet werden, mit dessen Bau im Oktober desselben Jahres begonnen wurde. Im Frühjahr 1942 wurde das Lager für sowjetische Kriegsgefangene in Birkenau aufgelöst, und nach einem weiteren Besuch Himmlers im Sommer desselben Jahres wurde beschlossen, Birkenau weiter auszubauen und von den Deutschen als Vernichtungslager für die jüdische Bevölkerung zu nutzen, zusätzlich zu den bereits bestehenden Lagern in Belzec, Treblinka und Sobibor. Für diesen Zweck wurden große Gaskammer und Krematorien gebaut.
Ende 1943 war Auschwitz bereits ein Lagerkomplex, das aus dem KL Auschwitz I, dem KL Auschwitz II Birkenau und dem KL Auschwitz III sowie einem Netz von 9 Außenlagern, bestand.
In der Zeit, in der Auschwitz in Betrieb war, waren die Kommandanten Rudolf Höß (1940-1943), Arthur Liebehensch (1943-1944) und Richard Baer (1944-1945). Das Lagerpersonal bestand aus über 8.000 SS-Angehörigen. Die meisten von ihnen wurden nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs nicht bestraft.
Historiker schätzen, dass die Deutschen in allen Lagern von Auschwitz etwa 1,3 Millionen Opfer ermordet haben. Die überwiegende Mehrheit waren Juden — 1,1 Millionen, gefolgt von Polen — 150 Tausend, Roma — über 20 Tausend, und der Rest — 30 Tausend.