Viele Jahre lang waren die Massenmorde, die die Deutschen 1939 an den Polen in Pommern verübten, nicht das Gegenstand der Arbeit von Historikern. Für die Polen, vor allem für die breite Elite dieser Region Polens, bedeutete der Ausbruch des Zweiten Weltkriegs jedoch den Beginn einer großen historischen Katastrophe. Für die in Pommern lebenden Deutschen hingegen war es der Tag der „Befreiung von der polnischen Herrschaft”. Im Jahr 1939 starben in Danziger Pommern nach Schätzungen von Historikern zwischen 20 000 und 50 000 Menschen polnischer und jüdischer Nationalität durch die Hand der Deutschen.
Als die ersten deutschen Truppen in Pommern einrückten, begann die so genannte „Entpolonisierung”. Dabei handelte es sich um die massenhafte physische Liquidierung von Polen, meist Zivilisten, durch verschiedene deutsche militärische und paramilitärische Verbände, darunter auch die Wehrmacht. Schätzungen zufolge stammten von den 16 000 im September 1939 hingerichteten Menschen polnischer Nationalität bis zu 11 000 aus Pommern. Albert Forster, Gauleiter des Reichsgaus Danzig-Westpreußen, war politisch verantwortlich für die Leitung des Vernichtungsprozesses.
Wer war noch an der Ermordung der Polen beteiligt? Es stellt sich heraus, dass viele deutsche Verbände an der Vernichtung der polnischen Zivilbevölkerung beteiligt waren. In der Zwischenkriegszeit wurde in der Freien Stadt Danzig der SS-Wachsturnbann „Einmamm” gebildet, der nach dem Überfall auf Polen 1939 an den Kämpfen in Gdynia (dt. Gdingen) und Oksywie (dt. Oxhöft) teilnahm und anschließend die Verteidiger des Danziger Postamtes ermordete und die Einwohner von Gdynia vertrieb. Später beteiligte sich diese Einheit an der Ermordung der polnischen Bevölkerung in anderen pommerschen Gebieten. Eine solche Aufgabe wurde auch den Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienstes — Einsatzgruppen IV und V — übertragen. An sie richtete Reinhard Heydrich seine Worte, in denen er erklärte, dass die polnischen Führungsschichten neutralisiert und die Menschen ohne Untersuchung erschossen oder gehängt werden sollten. Er fügte hinzu, dass der Adel, der Klerus und die Juden „liquidiert” werden müssten. Auch die großpolnischen Aufständischen waren eine wichtige Gruppe im Hinblick auf die deutsche Vernichtungspolitik.
Um die Zahl der Opfer zu erhöhen, wurde am 12. September 1939 ein unabhängiges Erschießungskommando, das Einsatzkommando 16, aufgestellt, das aus Gestapobeamten aus Danzig bestand. Eine besondere Rolle im Terrorapparat spielten jedoch einfache Deutsche, Nachbarn der Polen, die unter Aufsicht der SS handelten. Zunächst schlossen sie sich in Einheiten der Bürgerwehr zusammen, die aus Volksdeutschen bestanden, später wurden die Selbstschutzeinheiten gebildet. Schließlich wurde der Volksdeutsche Selbstschutz gegründet. Die Organisation wurde von Himmlers ehemaligem Adjutanten Ludolf von Alvensleben geleitet. Es ist bezeichnend, dass sich in Pommern 38 000 Deutsche — fast ausschließlich Männer im Alter zwischen 17 und 45 Jahren — dieser Formation anschlossen.
Die Tötungstechnik war streng durchdacht. Die Verhaftungen erfolgten oft nachts. Manchmal wurden Polen unter dem Vorwand der Erfüllung einer offiziellen Verpflichtung aufgefordert, sich bei Ämtern zu melden, und dort wurden sie gefangen genommen. Die Haftanstalten füllten sich schnell mit polnischen Zivilisten, und wenn der Platz nicht ausreichte, wurden Internierungslager eingerichtet. Dort herrschten harte Bedingungen, zumal einige Gefangene gefoltert und Frauen vergewaltigt wurden.
In den Internierungslagern und Haftanstalten wurden so genannte Volksgerichte abgehalten. Die Polen nannten sie „Mordkommissionen”. Diese Bezeichnung war vor allem darauf zurückzuführen, dass man schnell erkannte, dass die Hinrichtung eines Menschen polnischer Nationalität nur durch die Aussage zweier Volksdeutscher entschieden werden konnte, die die antideutsche Haltung eines polnischen Häftlings bestätigten.
Obwohl die „Todesmaschine” auf Hochtouren lief, war von Alvensleben mit den Ergebnissen seiner Untergebenen nicht zufrieden. Er war der Meinung, dass sie zu wenige Menschen ermordeten. Auf einer der wöchentlichen Versammlungen des Selbstschutzes im Jahr 1939 überzeugte er, dass „es für jeden Polen eine Ehre sein wird, mit seinem Kadaver den deutschem Boden zu düngen”.
Von ihren Verhaftungsorten aus wurden die verurteilten Polen hauptsächlich zur Erschießung geschickt. Sie starben in namenlosen Todesgruben, in Waldschluchten, auf Feldern, wurden in Kies- und Sandgrubengebieten und auf jüdischen Friedhöfen verscharrt. Sie fielen jedoch nicht nur durch die Kugeln von Pistolen und Gewehren. Sie wurden auch mit stumpfen Werkzeugen, wie z. B. Schaufeln, ermordet. Davon zeugen die vielen zertrümmerten Schädel, die bei der Exhumierung entdeckt wurden. Bei einer der Exhumierungen vermerkten die Forscher: „Schädel eines Kindes mit Resten von schwarzen Zöpfen. Leiche bekleidet mit Schuhen mit niedrigen Absätzen und Resten von verfallener Kleidung”.
Erst 1943 kehrten die Deutschen auf die Vernichtungsaktion in Pommern zurück: Angesichts der Kriegsniederlage in der Sowjetunion, der Beschlüsse der Teheraner Konferenz und der Reaktion der Weltöffentlichkeit auf die Exhumierung in Katyń machten sich die deutschen Besatzer daran, die Spuren ihrer Verbrechen in Pommern zu verwischen. Zu diesem Zweck wurde die Aktion 1005 gestartet, die vom Reichssicherheitshauptamt geleitet wurde. Ihr Ziel war es, die Leichen aus den Todesgruben zu bergen und sie unwiederbringlich zu vernichten. Diese Operationen wurden in ganz Mittel- und Osteuropa durchgeführt.
Im Jahr 1944 gelang es dem Sonderkommando 1005 bis zu 30 Massenhinrichtungsstätten zu zerstören. In Pommern zum Beispiel nahmen Häftlinge des Lagers Stutthof und Juden an dieser Arbeit teil. Diese Zeugen der Verbrechen wurden ebenfalls ermordet. Bezeichnenderweise wurde die von den verbrannten Opfern übrig gebliebene Asche durch spezielle Siebe gesiebt, weil man nach Wertgegenständen suchte, die die Ermordeten bei sich hatten….
Das Pommersche Verbrechen von 1939 war die erste deutsche Vernichtungsaktion auf polnischem Boden nach Ausbruch des Zweiten Weltkriegs. Nur etwa 10 000 Opfer wurden namentlich identifiziert.