Przez długie lata masowe mordy, jakich dokonali na Polakach z Pomorza w 1939 r. Niemcy, nie były przedmiotem zainteresowania historyków. Tymczasem dla Polaków, szczególnie dla szeroko pojętej elity z tego regionu Polski, wybuch II wojny światowej stał się początkiem wielkiej dziejowej katastrofy. Dla Niemców zaś zamieszkałych na Pomorzu był to dzień „wyzwolenia spod panowania polskiego”. W 1939 r. na Pomorzu Gdańskim, wedle szacunków historyków, zginęło z rąk niemieckich od 20 do 50 tys. osób narodowości polskiej i Żydów.
Gdy pierwsze niemieckie oddziały wkroczyły na Pomorze, rozpoczęła się tzw. akcja odpolszczania (Entpolonisierung). Polegała ona na masowej, fizycznej likwidacji Polaków, najczęściej cywili, przez różnego rodzaju niemieckie formacje militarne i paramilitarne, w tym przez Wehrmacht. Wedle szacunków, z 16 tys. osób narodowości polskiej rozstrzelanych we wrześniu 1939 r., aż 11 tys. pochodziło z Pomorza. Za kierowanie procesem eksterminacji politycznie odpowiadał Albert Forster – namiestnik Okręgu Rzeszy Gdańska – Prusy Zachodnie.
Kto jeszcze brał udział w mordach na Polakach? Okazuje się, że formacji niemieckich, które zajmowały się eksterminacją polskich cywili było wiele. Jeszcze w okresie międzywojennym w Wolnym Mieście Gdańsku utworzono jednostkę szturmową SS-Wachsturnbann „Einmamm”, która po ataku na Polskę w 1939 r. uczestniczyła w walkach w Gdyni i na Oksywiu, a następnie mordowała obrońców poczty gdańskiej i wysiedlała mieszkańców Gdyni. Później brała udział w mordowaniu ludności polskiej na innych pomorskich terenach. Takie zadanie otrzymały także grupy operacyjne policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa – Einsatzgruppen IV i V. To do nich swoje zbrodnicze w konsekwencjach słowa skierował Reinhard Heydrich, który stwierdził, że polskie warstwy kierownicze powinny być unieszkodliwione, a ludzi należy rozstrzeliwać lub wieszać, bez dochodzenia. Dodawał, że szlachta, duchowieństwo i Żydzi musieli być „zlikwidowani”. Ważną z punktu widzenia niemieckiej polityki eksterminacyjnej grupę tworzyli również powstańcy wielkopolscy.
Aby zwiększyć liczbę ofiar, 12 września 1939 r. powołano samodzielny pluton egzekucyjny Einsatzkommando 16, złożony z gdańskich funkcjonariuszy Gestapo. Szczególną rolę w aparacie terroru odegrali jednak zwykli Niemcy, sąsiedzi Polaków, działający pod nadzorem SS. Początkowo grupowali się w oddziały straży obywatelskiej złożone z volksdeutschów, a następnie powołano do życia Selbstschutz, czyli niemiecką Samoobronę. Ostatecznie powstała Volksdeutscher Selbstschutz. Organizacją kierował były adiutant Himmlera – Ludolf von Alvensleben. Znamienne, że do tej formacji wstąpiło 38 tys. Niemców na Pomorzu – niemal wszyscy mężczyźni w wieku od 17 do 45 lat.
Technika zabijania była ściśle opracowana. Aresztowania odbywały się często w nocy. Niekiedy nakazywano Polakom zgłaszać się do urzędów pod pozorem wypełnienia jakiegoś obowiązku urzędowego i tam ich wyłapywano. Areszty szybko wypełniały się cywilami polskimi, a gdy zabrakło w nich miejsca, utworzono obozy internowania. Panowały w nich trudne warunki, tym bardziej, że niektórych więźniów torturowano, a kobiety gwałcono.
W obozach i aresztach odbywały się tzw. sądy ludowe. Polacy nazywali je Mordkomission. Nazwa wynikała przede wszystkim z tego, że szybko zorientowano się, iż o rozstrzelaniu osoby narodowości polskiej mogły zdecydować świadectwa tylko dwóch volksdeutschów potwierdzających antyniemiecką postawę polskiego więźnia.
Choć „machina śmierci” pracowała na pełnych obrotach, von Alvensleben nie był zadowolony z rezultatów swoich podwładnych. Uważał, że mordowali oni za mało osób. Na jednej z cotygodniowych narad Selbstschutzu w 1939 r. przekonywał, że „honorem będzie dla każdego Polaka, by jego ścierwem nawieść niemiecką ziemię”.
Z miejsc przetrzymywania skazani Polacy trafiali głównie na rozstrzelanie. Ginęli w bezimiennych dołach śmierci, w leśnych parowach, na polach, byli zakopywani na terenach żwirowni i piaskowni i na cmentarza żydowskich. Jednak nie padali tylko od kul pistoletów i karabinów. Mordowano ich także tępymi narzędziami, np. łopatą. Świadczy o tym wiele roztrzaskanych czaszek, które odkryto podczas ekshumacji. Przy jednej z nich badacze odnotowali: „Czaszka dziecka z resztkami czarnych warkoczyków. Zwłoki odziane w buty na niskim obcasie i szczątki zbutwiałej odzieży”.
Do sprawy akcji eksterminacyjnej na Pomorzu Niemcy wrócili dopiero w 1943 r. Zdając sobie sprawę z klęski wojennej w Związku Sowieckim, i wsłuchując się w postanowienia konferencji w Teheranie, a także obserwując reakcję świata na ekshumację w Katyniu, okupant niemiecki przystąpił do zacierania śladów swoich zbrodni na Pomorzu. W tym celu rozpoczęto akcję 1005, którą kierował Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy. Jej celem było wydobywanie ciał z dołów śmiertelnych i bezpowrotne niszczenie zwłok zamordowanych. Działania te przeprowadzano w całej Europie Środkowo-Wschodniej.
W 1944 r. udało się Sonderkommano 1005 zniszczyć aż 30 masowych miejsc kaźni. Na Pomorzu w pracach tych uczestniczyli np. więźniowie obozu Stutthof i Żydzi. Tych świadków zbrodni także mordowano. Charakterystyczne, że pozostały ze spalonych ofiar popiół przesiewano przez specjalne sita, ponieważ szukano kosztowności, które mieli ze sobą zamordowani…
Zbrodnia pomorska w 1939 r. była pierwszą niemiecką akcją eksterminacyjną przeprowadzoną po wybuchu II wojny światowej na ziemiach polskich. Z imienia i nazwiska zostało zidentyfikowanych tylko około 10 tys. ofiar.