In weniger als neun Monaten wurde das deutsche Vernichtungslager Belzec zum Ort der Vernichtung von fast einer halben Million Juden. Dieses Verbrechen wurde im Rahmen der „Aktion Reinhardt” begangen. Der Einsatz begann am 16. und 17. März 1942, als die ersten Judentransporte aus den Ghettos von Lemberg und Lublin nach Belzec geschickt wurden.
Auf der Wannseekonferenz im Januar 1942 genehmigten die Deutschen schließlich die Einzelheiten eines Plans zur systematischen Ermordung der jüdischen Bevölkerung in den besetzten Gebieten Europas. Diese Art der Vernichtung war bereits in den besetzten östlichen Grenzgebieten durchgeführt worden. Eines der Elemente dieses deutschen Plans war die Operation zur physischen Beseitigung aller im Generalgouvernement ansässigen Juden, die später als „Aktion Reinhardt” (Einsatz Reinhardt) bekannt wurde — zu Ehren von Reinhard Heydrich, dem Leiter des Reichssicherheitshauptamtes (RSHA), der am 4. Juni 1942 in Prag an den Folgen seiner Verwundung nach einem Angriff der tschechischen Widerstandsbewegung auf ihn starb. Reinhard Heydrich war der Vorsitzende der Wannseekonferenz.
Im Rahmen der Aktion Reinhardt wurden Hunderttausende von Juden aus Ghettos und Lagern deportiert, um in speziell eingerichteten Vernichtungslagern ermordet zu werden. Mit dem Bau des ersten Lagers in Belzec begannen die Deutschen Anfang November 1941, weitere folgten in Treblinka, Sobibor und Auschwitz (Auschwitz-Birkenau). Alle diese Standorte, mit Ausnahme des letztgenannten, befanden sich innerhalb größerer Waldkomplexe. Von großer Bedeutung war auch die Nähe der Eisenbahnlinien, die eine Schlüsselrolle bei der Umleitung der Transporte aus den Ghettos spielten.
Die direkte Aufsicht über die Vernichtung der jüdischen Bevölkerung hatten Odilo Globocnik, SS- und Polizeikommandant des Distrikts Lublin, und sein Stellvertreter Hermann Höfle, der Stabschef der Aktion war.
Die ersten Transporte nach Belzec kamen am 17. März 1942 an und enthielten Juden, die aus Lublin und Lemberg deportiert worden waren. Der erste Kommandant des Lagers war Christian Wirth, ein Automechaniker, der zuvor an der Ermordung psychisch Kranker im Rahmen der Operation T-4 im Dritten Reich beteiligt war. Zunächst wurden die Juden in den Kammern durch Gas, später durch die Abgase eines Tankmotors getötet. Die Leichen wurden in Massengräbern verscharrt. Im Sommer 1942 entschieden die Deutschen, dass die Kapazität der Kammern zu gering war, und erweiterten das Lager. Nach der Fertigstellung konnten sie in sechs Kammern rund 4.000 Menschen gleichzeitig töten. Die letzten Transporte nach Belzec trafen im Dezember 1942 ein. Ab 1943 verwischten die Deutschen die Spuren des Verbrechens, indem sie die aus den Massengräbern geborgenen verwesenden Leichen auf speziell vorbereiteten Haufen verbrannten.