Менее чем за девять месяцев своего существования немецкий лагерь смерти в Белжеце стал местом уничтожения почти полумиллиона евреев. Это преступление было совершено в рамках операции «Рейнхардт», которая началась 16-17 марта 1942 года, когда в Белжец были отправлены первые эшелоны евреев из гетто Львова и Люблина.
На Ванзейской конференции в январе 1942 года немцы окончательно утвердили детали плана методичного истребления еврейского населения, проживающего на территориях оккупированной ими Европы. Ранее такого рода истребления уже проводились на оккупированных Восточных окраинах Польши. Одним из элементов этого немецкого плана была операция по физическому уничтожению всех евреев, проживающих в Генерал-губернаторстве, впоследствии получившая название Операция Рейнхардт ( Einsatz Reinhardt ) — в честь Рейнхарда Гейдриха, главы Управления безопасности Рейха ( RSHA), погибшего 4 июня 1942 года в Праге от ран, полученных после нападения на него чешского сопротивления. Именно Рейнхард Гейдрих председательствовал на Ванзейской конференции.
Операция «Рейнхардт» предполагала депортацию сотен тысяч евреев из гетто и лагерей и их истебление в специально подготовленных для этой цели лагерях смерти. Строительство первого из них, в Белжеце, было начато немцами в начале ноября 1941 года, следующие располагались в Треблинке, Собиборе и в Освенциме (Аушвиц-Биркенау). Кроме последнего все эти объекты располагались в более крупных лесных комплексах. Большое значение имела и близость к железным дорогам, которые играли ключевую роль в направлении транспорта из гетто.
Непосредственный надзор за уничтожением еврейского населения осуществляли Одило Глобочник, командующий СС и полицией Люблинского округа, и его заместитель — Герман Хёфле, являвшийся начальником штаба акции.
Первые эшелоны прибыли в Белжец 17 марта 1942 г. Это были депортированные евреи из Люблина и Львова. Первым комендантом лагеря стал Кристиан Вирт, автослесарь по профессии, ранее участвовавший в убийстве душевнобольных в рамках операции Т-4, проводившейся в Третьем рейхе. Первоначально евреев казнили в газовых камерах, а затем умервщляли выхлопными газами танкового двигателя. Тела убитых были захоронены в общих могилах. Летом 1942 года немцы решили, что вместимость камер слишком мала, и расширили лагерь. После его расширения они могли одновременно убить около 4000 человек в шести камерах. Последние транспорты в Белжец прибыли в декабре 1942 года. Тогда же лагерь закрыли. С 1943 года немцы заметали следы преступлений, сжигая разлагающиеся тела из общих могил, на специально подготовленных кострах.