Im Untergrund hatte er drei Decknamen — „Janek”, „Marek” und „Łukowski”. Während des Zweiten Weltkriegs gehörte Marek Arczyński zu den Gründern des Rates für die Unterstützung von Juden „Żegota” und war dessen Schatzmeister. Außerdem leitete er die Legalisierungsabteilung, deren Aufgabe es war, falsche Dokumente für Juden zu erstellen.

Er wurde im Jahr 1900 in einer Krakauer Arbeiterfamilie geboren. Über sein Leben bis zum Ausbruch des Zweiten Weltkriegs ist wenig bekannt. Im Jahr 1921 nahm er am Dritten Schlesischen Aufstand teil, arbeitete dann bei der Eisenbahn und trat Ende der 1930er Jahre der Demokratischen Partei (Stronnictwo Demokratyczne) bei.

Während der deutschen Besatzung war er Vorsitzender der Demokratischen Partei in der ehemaligen Woiwodschaft Krakau und Chefredakteur der Tageszeitung „Dziennik Polski”— einer der Partei angeschlossenen Untergrundzeitung. Die Zeitung wurde von 1940 bis 1945 herausgegeben. 1943 verließ Arczyński seine Mutterpartei, da er Anhänger des linken Flügels war, der in eine neue Gruppierung — die Partei der Polnischen Demokratie (Stronnictwo Polskiej Demokracji) — umgewandelt wurde.

Parallel zu seiner Partei- und Untergrundtätigkeit engagierte er sich für die Rettung der jüdischen Bevölkerung. Im Jahr 1942 wurde er Mitglied des Präsidiums des Rates für die Unterstützung von Juden „Żegota” und fungierte als dessen Schatzmeister. Im Rahmen seiner Aufgaben legte er dem Prüfungsausschuss monatliche Berichte über die Verwendung der Mittel für die untergetauchten Juden vor. Er war auch zuständig für die Legalisierungsstelle, wo die notwendigen Dokumente für die Juden gefälscht wurden — Kennkarten, Heiratsurkunden, Pässe, Arbeitsgenehmigungen usw. Diese Gruppe bestand aus sechs Personen. Die Drucke wurden in einer geheimen Druckerei in der Nowy Świat Straße 41 hergestellt, wo auch Parteimaterialien produziert wurden. Um nicht erkannt zu werden, befand sich in diesem Raum ein Geschirrladen.

1965 wurde Arczyński für seine Arbeit in „Żegota” mit dem Titel „Gerechter unter den Völkern” ausgezeichnet. In der Volksrepublik Polen veröffentlichte er (zusammen mit dem Historiker Wiesław Balcerak) ein Buch darüber. Diese heute etwas in Vergessenheit geratene Studie beruhte auf reichhaltigem Archiv von Arczyński aus der Kriegszeit.

Nach dem Krieg spielte der Schatzmeister der „Żegota” keine bedeutende Rolle im politischen und gesellschaftlichen Leben, obwohl er für kurze Zeit Abgeordneter des KRN (Krajowa Rada Narodowa) und des Sejm war. In der zweiten Hälfte der 1950er Jahre wurde er aus der Demokratischen Partei ausgeschlossen, weil er versucht hatte, eine interne Opposition innerhalb der Partei, die so genannte „Erneuerungsgruppe”, zu gründen.

Er starb 1979 in Warschau.