14 czerwca 1940 r. do założonego przez Niemców Konzentration Lager (KL) Auschwitz przybył z okupowanego Tarnowa pierwszy transport więźniów. Ta data jest uważana za początek funkcjonowania machiny śmierci w tym miejscu. Od 2006 r. każdy 14 czerwca jest obchodzony jako Narodowy Dzień Pamięci Ofiar Niemieckich Nazistowskich Obozów Koncentracyjnych i Obozów Zagłady.
We wrześniu 1939 r. Polska stała się celem wspólnej agresji Niemiec i Związku Sowieckiego. Finalnym efektem współpracy obu państw był podział terytorium Polski pomiędzy obydwu agresorów, ustalony ostatecznie 28 września 1939 r.. Wówczas III Rzesza i Związek Sowiecki zawarły traktat regulujący przebieg wspólnej granicy. Obydwaj najeźdźcy w ścisłym porozumieniu podjęli również działania zmierzające do unicestwienia polskich elit i tworzących się już pod koniec września 1939 r. struktur polskiego ruchu oporu.
Niemcy jeszcze przez napaścią na Polskę 1 września 1939 r. mieli przygotowane listy proskrypcyjne osób, które zostały określone mianem „wrogów Rzeszy”. Ludzie ci byli zatrzymywani przez specjalnie utworzone Einsatzgruppen, które operowały za szeregami wkraczającej do Polski niemieckiej armii. Dowódcy tych grup, na podstawie dyspozycji samego Adolfa Hitlera, mieli prawo podejmować decyzje o ich natychmiastowym rozstrzeliwaniu. . Na listach proskrypcyjnych znaleźli się , m.in. uczestnicy powstań śląskich i powstania wielkopolskiego. Przyjmuje się, że we wrześniu i -październiku 1939 r. niemieckie grupy operacyjne przeprowadziły ponad 600 egzekucji, w trakcie których zamordowano co najmniej 15 tyś osób.
Wiosną 1940 r. Niemcy rozpoczęli kolejny etap eksterminacji w ramach Akcji AB, w wyniku której od maja do lipca tego roku zostało zamordowanych kilka tysięcy osób, reprezentujących polskie elity społeczne i polityczne.
Natomiast jeszcze pod koniec 1939 r. niemieckie władze Rejencji Katowickiej alarmowały szefa SS Heinricha Himmlera, że na jej terenie jest niewystarczająca ilość miejsc w więzieniach, w których trzymano Polaków. Wkrótce zapadła decyzja, żeby utworzyć tam obóz koncentracyjny. Jako jedną z lokalizacji wskazano Oświęcim (Auschwitz), włączony do terytorium III Rzeszy. W tym celu zaadaptowano budynki przedwojennych polskich koszar, wykorzystywanych po wrześniu 1939 r. przez Wehrmacht jako tymczasowy obóz dla jeńców. Poza istniejącą infrastrukturą kluczowym elementem było również położenie Auschwitz wraz z możliwościami wykorzystania linii kolejowej do transportowania przyszłych więźniów. W kwietniu 1940 r. na miejsce przybyła komisja, z Hauptsturmführerem SS Rudolfem Hössem, kierownikiem obozu w Sachsenhausen na czele. Oceniła ona możliwość wykorzystania proponowanej lokalizacji jako miejsca kaźni. Po otrzymaniu raportu Himmler polecił natychmiast utworzenie obozu koncentracyjnego, a na jego komendanta wyznaczył Rudolfa Hössa. Ten już 1 maja 1940 roku rozpoczął przygotowania do jego uruchomienia. Niespełna trzy tygodnie później, bo już 20 maja z Sachsenhausen trafił pierwszy transport więźniów, składający się z kilkudziesięciu kryminalistów niemieckich. Pełnili oni później rolę pomocniczą dla załogi obozu, wykazując się niejednokrotnie okrucieństwem w znęcaniu się nad współwięźniami.
14 czerwca 1940 r. do KL Auschwitz przybył pierwszy transport liczący 728 więźniów z okupowanego Tarnowa. Otrzymali oni obozowe numery od 31 do 758. Wśród nich były osoby aresztowane w ramach akcji AB, zatrzymane podczas łapanek, członkowie tworzących się organizacji podziemnych, Niektórzy byli pochodzenia żydowskiego. Najmłodszy z nowo przybyłych więźniów – Stanisław Ryniak miał piętnaście lat. Jednym z przybyłych w tym transporcie był Bronisław Czech, 24-krotny mistrz Polski w narciarstwie, aresztowany przez Niemców za działalność konspiracyjną. Po dotarciu do obozu polska grupa usłyszała od SS-Hauptsturmführera Karla Fritzscha te słowa: „Przybyliście tutaj nie do sanatorium, tylko do niemieckiego obozu koncentracyjnego, z którego nie ma innego wyjścia, jak przez komin. Jeśli się to komuś nie podoba, to może iść zaraz na druty. Jeśli są w transporcie Żydzi, to mają prawo żyć nie dłużej niż dwa tygodnie, księża miesiąc, reszta trzy miesiące”.
W marcu 1941 r. po inspekcji KL Auschwitz przez Heinricha Himmlera zapadła decyzja o rozbudowie obozu, tak aby mógł pomieścić co najmniej 30 tys. więźniów. Ponadto na terenie nieodległej wsi Brzezinka (Birkenau) miał powstać obóz dla 100 tys. jeńców wojennych, którego budowę rozpoczęto w październiku tego roku. Obóz dla jeńców sowieckich został zlikwidowany w Birkenau na wiosnę 1942 r., a po kolejnej wizycie Himmlera latem tego roku zapadła decyzja o dalszej rozbudowie Birkenau i wykorzystaniu go przez Niemców jako obozu zagłady dla ludności żydowskiej, obok funkcjonujących już Bełżca, Treblinki czy Sobiboru, W tym celu wybudowano duże komory gazowe oraz krematoria.
Pod koniec 1943 r. KL Auschwitz był już systemem obozów, składającym się z ośrodka macierzystego KL Auschwitz I , KL Auschwitz II – Birkenau oraz KL Auschwitz III – sieci 9 podobozów filialnych.
W okresie funkcjonowania KL Auschwitz jego komendantami byli Rudolf Höss (1940-1943), Arthur Liebehensch (1943-1944) oraz Richard Baer (1944-1945), a służbę pełniło ponad 8 tys. członków SS. Większość z nich nie poniosła po zakończeniu II wojny światowej kary.
Według historyków przyjmuje się, że we wszystkich obozach KL Auschwitz Niemcy zamordowali około 1,3 mln ofiar. Zdecydowaną większość stanowili Żydzi – 1,1 mln, następnie Polacy – 150 tys., Romowie ponad 20 tys., pozostali 30 tys.