מרוקו ואלג'יריה, כמחוזות קולוניאליים צרפתיים, נוהלו על ידי נציגים של ממשלת וישי המשותפת לאחר כניעת פריז ב-1940. למרות שהיחסים בין ראש ממשלת צרפת, פיליפ פטן, והרייך השלישי היו הדוקים וצרפת שלחה את יהודי ארצה למחנות השמדה שהיו ממוקמים בפולין הכבושה, השואה לא התרחשה בצפון אפריקה הצרפתית. כך, הן אלג'יריה והן מרוקו הפכו למקום מקלט עבור יהודי פולין, שנותרו תחת חסות הדיפלומטיה הפולנית שם; ההערכה היא שמדובר על כ-800 איש.
משרד הנציגות הפולנית פעל במחוז זה משנת 1941 כאשר אמריק אוגוסט הוטן-צ'פסקי (1897-1979) הפך לנציג של מנהל המשרדים הפולניים בצפון אפריקה. שמו של מוסד זה מצביע על כך שהפולנים לא יכלו לפעול שם כשגרירות או כקונסוליה, כפי שעשו נציגי מדינות אחרות, עקב לחץ של גרמנים שרצו לבטל או לפרק את הייצוג הדיפלומטי הפולני, כפי שממשלת פולין הגולה לא הוכרה על ידי הרייך השלישי. המצב השתנה לאחר שהושק מבצע הנחיתה של בעלות הברית "לפיד" בנובמבר 1942. כתוצאה מכך, החל משנת 1943, יכל הוטן-צ'פסקי לפעול כקונסול הכללי של הרפובליקה של פולין בצפון אפריקה, וייצג את ממשלת פולין החוקית באלג'יר בוועדה הצרפתית לשחרור לאומי.
אזרחים פולנים יהודים הגיעו למגרב בעיקר מספרד, שלא נחשבה בטוחה עבורם, בשתי דרכים עיקריות: או כפליטים שפונו על ידי גיברלטר (בשיתוף פעולה עם הבריטים) או באמצעות בריחה של בודדים. את פעולות הפינוי תיאם שגריר הרפובליקה של פולין במדריד, מריאן שומלקובסקי (1893-1961). מרכזי הפליטים העיקריים של יהודי פולין היו ממוקמים באלג'יר (אלג'יריה) – 100 איש, בקזבלנקה (מרוקו) – 160 איש וטנג'יר (מרוקו) – 500 איש. פליטים יהודים פולנים נראו גם בערים אחרות במרוקו. חלק מהיהודים המגיעים, כפי שביקשה ממשלת צרפת, שהו במחנה המעצר/מפלט המרוקאי סידי-אל-איאצ'י, וכן במחנות עבודה, כמו סטאט, אום-פאוט, ברגנט, דג'רדה ובו-ערפה, דיילפה, קעד-זם וארקול באוראן. יתרה מזאת, קבוצה של 100 חברים יהודים מהבריגדה הקומוניסטית הבינלאומית פונתה על ידי שומלקובסקי. לאחר מכן הצטרפו לפזורה היהודית במגרב.
בינואר 1943, הודות לנוכחות נציג פולני בוועדת הפטור הצרפתית-אמריקאית, שהתקיימה בסידי-אל-איאצ'י, כל היהודים הפולנים וכן חסרי אזרחות ויהודים עם אזרחות שאינה פולנית (גרמנית, אוסטרית, יוגוסלבית) שוחררו מהמחנות. המאמצים לשחרר את היהודים ממקומות אלה, וכן להעביר את כולם לאנגליה, נעשו על ידי הדיפלומטיה הפולנית מ-1942, ברגע שנוצרה אפשרות לשנות את המצב הפוליטי באזור זה.