הוא היה אחד המומחים הבולטים בהיסטוריה של היהודים תחת חלוקות פולין. למרות שהמונוגרפיות החלוציות של ארתור אייזנבך נכתבו בפולין הקומוניסטית, הן נותרו מחקרים אמינים.
הוא נולד ב-1900 בנובי סץ' (אוסטרו-הונגריה). ארתור אייזנבך בא ממשפחה יהודית ענייה, אז הוא הפך למנעולן לאחר שסיים את בית הספר היסודי. השאיפות שלו היו הרבה יותר גדולות, אז הוא החליט לעבור הכשרה כמורה. ב-1923 החל קורסים בתחום זה בווילנה, ולאחר מכן עבר לקרקוב, שם סיים את לימודיו ב-1930.
כישוריו האנליטיים הגדולים הובילו אותו ללמוד היסטוריה – תחילה באוניברסיטה היגילונית ולאחר מכן באוניברסיטת ורשה. הוא היה תלמיד של מרסלי הנדלסמן, אבל לפני המלחמה לא הספיק להתחיל בקריירה באוניברסיטה. אף על פי כן השתייך לחוג ההיסטוריונים שעסק בהיסטוריה של היהודים בארצות פולין, שיתפו פעולה עם המכון המדעי היהודי בווילנה (YIVO).
לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה נסע אייזנבך לבוצ'אץ', משם הוגלה על ידי השלטונות הסובייטיים לעומק ברית המועצות. הוא חזר לפולין ב-1946.
זמן קצר לאחר המלחמה הצטרף למפלגת הפועלים הפולנית ולאחר מכן למפלגת הפועלים המאוחדת הפולנית. הצהרותיו הפוליטיות אפשרו לו להתקדם במוסד התרבותי המכון ההיסטורי היהודי (ŻIH). הוא כיהן כמנהלו בין השנים 1966 ל-1968 אך פוטר מתפקידו בגל של מרץ 1968.
האנטישמיות של תקופת פולין הקומוניסטית לא הצליחה לאלץ אותו לעזוב את הארץ. משנת 1966, במקביל לעבודתו במכון ההיסטורי היהודי, הועסק במכון להיסטוריה של האקדמיה הפולנית למדעים. הוא פרש לגמלאות ב-1977, והמשיך במחקריו על תולדות היהודים בפולין עד סוף ימיו. תחומי המחקר שלו הביאו למונוגרפיות רבות שלמרות חלוף הזמן, ולמרות הצנזורה המשתוללת ברפובליקה העממית של פולין, נותרו יצירות אמינות. אייזנבך התעניין בתחילה בשואה, אך מהר מאוד התרחק מהנושא הזה, והתמקד ביחסי פולין-יהודים. הוא הכין, בין היתר, את המונוגרפיות "שאלת השוויון היהודי בממלכת פולין" ו"שחרור היהודים על אדמות פולין 1785-1870 מול רקע אירופי". כמומחה לתרבות והיסטוריה יהודית, הוא העניק ייעוץ ליז'י קוואלרוביץ' על הסרט "אוסטריה".
לקראת סוף ימיו חזר אייזנבך לנושא השואה, והכין מהדורה של כל עבודותיו של עמנואל רינגלבלום.
הוא מת בישראל בשנת 1992, בהתאבדות.