Nach der Niederschlagung des Novemberaufstandes beschloss die russische Besatzungsmacht, in Warschau eine Festung zu errichten. Sie trug alle Merkmale einer Zitadelle und wurde zu einem Symbol der zaristischen Unterdrückung. Sie diente dazu, die Einwohner des Königreichs Polen in Gehorsam zu halten und insbesondere jegliche Manifestationen der polnischen Unabhängigkeitsbewegung zu befrieden. Die Festung beherbergte den X. Pavillon, also das Untersuchungsgefängnis, sowie 104 Kasematten und diente als Hinrichtungsstätte.
Die Festung wurde 1834 während der Herrschaft von Zar Nikolaus I. erbaut. Die Beweggründe der Russen sind in einem der Lehrbücher über die so genannte dauerhafte Befestigung gut wiedergegeben: „Wenn man in den neu eroberten Städten einen Aufstand der zahlreichen und feindseligen Einwohner befürchtete, wurden in ihnen manchmal kleine Festungen — Zitadellen — errichtet, in denen sich die Garnison in Zeiten des Aufruhrs schützen und die Stadt verteidigen konnte. Man legte größten Wert darauf, Zitadellen an der höchsten Stelle der Stadt oder an dem unter ihr fließenden Fluss zu errichten […], um mit dem Fluss in Verbindung zu stehen und ihn zu beherrschen…”.
Obwohl die Zitadelle, die im 19. Jahrhundert „Cytadela Aleksandrowska” hieß, bereits 1834 gebaut wurde, wurde sie ständig modernisiert. Die Arbeiten wurden erst 1874 endgültig abgeschlossen. Der Bau war mit enormen Kosten verbunden. Der Gesamtbetrag belief sich auf 11 Millionen Rubel, was in heutigem Geld 128 Millionen Euro entspricht. Das Geld wurde als nicht rückzahlbares Darlehen aus der Stadtkasse der Stadt Warschau und der Polnischen Bank aufgenommen.
In der Literatur wird oft behauptet, dass fast alle prominenten Revolutionäre und Unabhängigkeitsaktivisten des Königreichs Polen die Zitadelle passiert haben. In der Zeit der Intensivierung dieser Bewegungen verwandelte sie sich in ein riesiges, überfülltes Gefängnis. Die Kasematten waren vor allem in den Jahren 1863-1864 (Januaraufstand) und in den Jahren der Revolution 1905-1907 mit politischen Gefangenen überfüllt. In der nördlichen Kaponniere wurden die Aufständischen des Januaraufstands inhaftiert, weshalb der Ort später „die Ecke der Aufständischen” genannt wurde.
Die Śliwicki-Schanze, die bis heute nicht erhalten ist, hat ebenfalls eine besondere Geschichte, denn dort befand sich die Versandstelle nach Sibirien. Hier verabschiedeten sich die Familien von den Gefangenen, die in Kibitka nach und nach ins Exil gebracht wurden.
Der Ort der Hinrichtung waren die Hänge der Zitadelle. Zu diesem Zweck wurden in der Nähe Galgen aufgestellt. Die Leichen wurden an Ort und Stelle oder in den Festungsgräben sowie an den Hängen der Weichselböschung verscharrt.
Zwischen 5000 und 16 000 Soldaten waren in der Zitadelle stationiert. Sie hatte nie eine Verteidigungsfunktion.