Am 6. November 1939 verhafteten die Deutschen in Krakau 183 polnische Professoren und Wissenschaftler. Die überwiegende Mehrheit von ihnen wurde in das deutsche Lager Sachsenhausen transportiert. Einige von ihnen überlebten ihren Aufenthalt dort nicht.
Nach dem Überfall des Dritten Reiches auf Polen wurde Krakau am 6. September 1939 von den Deutschen besetzt. Von Anfang an gingen die Besatzer mit Terror gegen die Bewohner der Stadt vor. Gemäß der nationalsozialistischen Politik sollte Polen ein Reservoir billiger oder sogar kostenloser Arbeitskräfte sein, die für das Funktionieren der Kriegsmaschinerie unerlässlich waren. Ein Teil der vom Dritten Reich besetzten polnischen Gebiete wurde direkt in das Reich eingegliedert, und aus den übrigen Gebieten wurde im Oktober 1939 das Generalgouvernement (GG) gebildet. Dieser Quasi-Staat wurde von Hans Frank geleitet. Krakau, das vor Warschau viele Jahre lang die Hauptstadt Polens gewesen war, wurde zum Sitz der Besatzungsbehörden gewählt. In dieser Stadt war auch die älteste polnische Universität tätig, die Jagiellonen-Universität (UJ), die seit 1364 jahrhundertelang Generationen von Polen ausbildete und viele hervorragende und international angesehene Wissenschaftler beschäftigte.
In der zweiten Oktoberhälfte 1939 beschloss die Universitätsleitung die Wiedereröffnung der Universität und legte fest, dass das neue akademische Jahr am Montag, dem 6. November, beginnen sollte (das Datum wurde später um eine Woche auf den 13. November verschoben). Der Eröffnung des akademischen Jahres sollte traditionell eine Messe am 4. November in der akademischen Kirche St. Anna vorausgehen. Der Rektor der Jagiellonen-Universität, Professor Tadeusz Lehr-Spławiński, informierte darüber den Besatzungskommissar der Stadt, Ernst Zörner, der seit dem 27. September 1939 im Amt war und sich den Plänen nicht widersetzte.
Eine ganz andere Haltung vertrat jedoch der deutsche Minister für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung, Bernhard Rust, der in einem Schreiben vom 31. Oktober 1939 an den Generalgouverneur Hans Frank diesen dazu verpflichtete, die Wiederaufnahme des Unterrichts an der Jagiellonen-Universität vollständig zu verhindern. Um dies zu erreichen, beschlossen die Deutschen, Professoren und anderes Universitätspersonal zu verhaften. Sie taten dies im Rahmen einer Operation, die später von Historikern als Sonderaktion Krakau bezeichnet wurde, während die Besatzer selbst sie als Aktion gegen Universitätsprofessoren bezeichneten. So wurde nämlich die Grundlage für die Verhaftungen in den Karten der Gefangenen genannt.
Am 3. November 1939 wurde Professor Tadeusz Lehr-Spławiński von dem SS-Offizier Bruno Müller empfangen, der den Rektor beauftragte, für den 6. November ein Treffen mit dem Universitätspersonal zu organisieren. Müller sollte einen Vortrag über die deutsche Einstellung zu Wissenschaft und Hochschulbildung halten. Der Rektor, der nicht ahnte, dass es sich um eine Falle handelte, teilte dem wissenschaftlichen Personal der Universität in aller Eile den Termin der Sitzung mit.
Während der Kriegsanstrengungen im September war der SS-Mann Kommandeur des Einsatzkommandos 2/I, einer Einheit, die im hinteren Teil der Front in Oberschlesien und Kleinpolen operierte. Ihre Mitglieder waren für die Ermordung der polnischen Intelligenz auf der Grundlage von Proskriptionslisten in Oberschlesien verantwortlich. Müller war später auch persönlich an der Ausrottung der jüdischen Bevölkerung beteiligt. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs wurde er von den Briten verhaftet und zu 20 Jahren Gefängnis verurteilt. 1953 wurde er freigelassen und musste sich für die meisten der von ihm begangenen Verbrechen nicht verantworten.
Müllers Vortrag war für den 6. November 1939 im Hörsaal 66 des Colegium Novum der Jagiellonen-Universität geplant. Die Gebäude der Universität waren zuvor von deutschen Sicherheitskräften umstellt worden, und viele SS-Offiziere befanden sich im Gebäude. Pünktlich um 12.00 Uhr betrat Bruno Müller den Saal und gab eine kurze Mitteilung ab. So wurde der Inhalt von den im Auditorium anwesenden Hochschullehrern in Erinnerung behalten: „Die hiesige Universität hat das akademische Jahr begonnen, ohne vorher die Genehmigung der deutschen Behörden einzuholen. Das ist böser Wille. Außerdem ist bekannt, dass die Hochschullehrer schon immer der deutschen Wissenschaft gegenüber feindlich eingestellt waren. Aus diesem Grund werden Sie alle, mit Ausnahme der drei anwesenden Frauen, in ein Konzentrationslager gebracht. Jegliche Diskussion oder gar Äußerung zu diesem Thema ist ausgeschlossen. Wer sich der Ausführung meines Befehls widersetzt, wird erschossen”.
Auf ein von Müller gegebenes Signal hin betraten SS-Offiziere den Hörsaal und begannen, die anwesenden Wissenschaftler hinauszuführen. Einige von ihnen versuchten zu protestieren und Erklärungen abzugeben. Die Deutschen reagierten darauf jedoch brutal und schlugen und traten unter anderem den 70-jährigen Professor Stanisław Estreicher, den ehemaligen Rektor der Jagiellonen-Universität.
Infolge der Sonderaktion Krakau verhafteten die Nazis insgesamt 183 Personen, die meisten von ihnen waren Mitarbeiter der Jagiellonen-Universität. Unter den Verhafteten befanden sich auch Wissenschaftler von anderen Krakauer Universitäten, aber auch von der Stefan-Batory-Universität Vilnius oder der Katholischen Universität Lublin. Viele von ihnen waren Wissenschaftler, die weltweit angesehen waren.
Die Verhafteten wurden in ein Gefängnis in der Montelupich-Straße in Krakau gebracht und anschließend in einem Gebäude der ehemaligen Kaserne in der Mazowiecka-Straße inhaftiert. Ende November 1939 wurden sie in das Lager Sachsenchausen bei Berlin gebracht. Hier sollten sie Rudolf Höss treffen, der damals für dieses Lager verantwortlich war. Höss wurde im Frühjahr 1940 Kommandant des neu errichteten Konzentrationslagers Auschwitz. Aufgrund des diplomatischen Drucks und der Appelle ausländischer akademischer Kreise ließen die Deutschen die vor 1900 geborenen Professoren im Februar 1940 frei; einige der anderen wurden in das Konzentrationslager Dachau überführt, von wo aus sie nach und nach entlassen wurden. Leider erlebten 20 von ihnen die Freiheit nicht mehr. Unter anderem starben der bereits erwähnte Professor Estreicher und viele andere im Dezember 1939 im KL Sachsenhausen. Die Deutschen ermordeten später die Professoren Leon Sternbach und Joachim Mettalmann, die jüdischer Herkunft waren.