Im Verlauf der Feindseligkeiten auf dem Gebiet Polens im September 1939 begingen die Deutschen eine Reihe von Verbrechen, deren Opfer Kriegsgefangene und wehrlose Zivilisten waren. Bei den Tätern handelte es sich nicht nur um Angehörige der vor der deutschen Aggression am 1. September 1939 gebildeten Einsatzgruppen, sondern oft auch Wehrmachtssoldaten.
Weniger als zehn Tage vor dem Überfall auf Polen, am 22. August 1939, gab Adolf Hitler auf einer Sitzung der Oberbefehlshaber in Berchtesgaden Befehle, die während des Feldzugs im September 1939 gewissenhaft umgesetzt wurden.
„Die Zerstörung Polens ist unsere erste Aufgabe. Das Ziel darf nicht darin bestehen, eine bestimmte Linie zu erreichen, sondern lebendige Kraft zu vernichten. Selbst wenn der Krieg im Westen ausbrechen sollte, muss die Zerstörung Polens unsere erste Aufgabe sein. Die Entscheidung muss wegen der Jahreszeit sofort getroffen werden. Zu Propagandazwecken werde ich einen Grund für den Ausbruch des Krieges nennen. Es spielt keine Rolle, ob er glaubwürdig ist. Niemand fragt den Sieger, ob er die Wahrheit gesagt hat oder nicht. Wenn es um den Beginn und die Führung eines Krieges geht, entscheidet nicht das Gesetz, sondern der Sieg. Seid gnadenlos, seid brutal.”
Die Verwirklichung der oben genannten verbrecherischen Ziele wäre ohne die Schaffung der Einsatzgruppen nicht möglich gewesen. Der Rahmen für ihre Tätigkeit wurde vom Reichssicherheitshauptamt (RSHA) festgelegt. Im Juli 1939 wurden auf der Grundlage einer Vereinbarung mit der Wehrmachtsführung fünf Einsatzgruppen gebildet, die später jeder der deutschen Armeen zugeteilt wurden, die sich auf den Angriff auf Polen vorbereiteten. Im September 1939 wurden zwei weitere Gruppen gebildet. Diese Einheiten sollten den Wehrmachtseinheiten tief nach Polen folgen. Ihre Aufgabe war es, Personen festzunehmen, deren Namen sich auf den Proskriptionslisten befanden, die auf der Grundlage des 1939 erstellten „Sonderfahndungsbuches Polen” vorbereitetet wurden.
Auf Anweisung von Adolf Hitler selbst hatten die Einsatzgruppenführer das Recht, über die Hinrichtung von Festgenommenen, die des Widerstands verdächtigt wurden, zu entscheiden, auch ohne eine Entscheidung der Standgerichte der Sicherheitspolizei. Auf den Proskriptionslisten standen u. a. Teilnehmer der schlesischen Aufstände und des Großpolnischen Aufstandes. Man geht davon aus, dass diese Gruppen in der Zeit von September bis Oktober 1939 fast 1000 Hinrichtungen durchführten, bei denen etwa 50 000 Menschen ermordet wurden. Die gesamte Operation erhielt den Decknamen „Tannenberg”, der wahrscheinlich symbolisch für die blutige Rache für die Niederlage bei Grunwald im Jahr 1410 stand. Bei dieser verbrecherischen Aktion wurden die Offiziere der Einsatzgruppen sehr oft von Mitgliedern des Selbstschutzes unterstützt, einer paramilitärischen Formation, die sich aus Vertretern der in Polen lebenden deutschen nationalen Minderheit zusammensetzte.
Im September 1939 wurden Kriegsverbrechen gegen wehrlose Zivilisten und Kriegsgefangene auch von Wehrmachtstruppen begangen, unter denen eine antipartisanische Psychose herrschte. Sie wurde durch die deutsche Propaganda genährt, die behauptete, die Polen seien ein verräterisches und hinterlistiges Volk. In der Nacht vom 1. auf den 2. September 1939 kam es in dem von den Deutschen besetzten Grenzdorf Torzeniec in Großpolen zu einer Schießerei, bei der drei Deutsche getötet wurden. Wahrscheinlich waren die Wehrmachtssoldaten in Panik geraten und hatten sich gegenseitig beschossen. Es wurde jedoch vermutet, dass es sich um einen Angriff polnischer Einwohner handelte, worauf 16 Polen ermordet und mehrere Gebäude in Brand gesetzt wurden. Am Morgen des 2. September ordnete der Kommandeur des deutschen 41. Infanterieregiments an, alle Dorfbewohner zusammenzutreiben, und nachdem er alle Männer getrennt hatte, wurden diese zum Tode verurteilt, der an jedem zweiten Verurteilten auch prompt vollstreckt wurde. Insgesamt wurden 19 Menschen auf diese Weise ermordet. Zur gleichen Zeit brannte eine andere deutsche Einheit das Nachbardorf Wyszanów vollständig nieder und ermordete 22 Menschen, darunter Frauen und Kinder.
Die Soldaten der 46. Infanteriedivision ermordeten dagegen am 4. September 1939 etwa 500 zivile Einwohner von Częstochowa (darunter Polen und Juden). Der Hintergrund war derselbe wie zuvor in Torzeniec beschrieben. Die Gefangenen wurden auf den Plätzen der Stadt festgehalten und dann erschossen und in Flugabwehrgräben verscharrt. Keiner der Verantwortlichen für dieses Verbrechen wurde jemals in irgendeiner Weise zur Rechenschaft gezogen. Wenige Tage später wurden in Bydgoszcz mehrere tausend Polen ermordet. Dies geschah aus Rache für die Ereignisse vom 3. und 4. September, bei denen 300 Deutsche getötet wurden, die meisten von ihnen ausgebildete Saboteure, die auf die sich aus der Stadt zurückziehenden polnischen Truppen schossen.
Ein weiteres Beispiel für das Verbrechen: Am 18. September 1939 ermordeten die Deutschen in Śladów in der Nähe von Sochaczew rund 300 Menschen an der Weichsel, von denen die Hälfte Kriegsgefangene und die andere Hälfte Bewohner der umliegenden Dörfer waren. Einer der Überlebenden erinnerte sich folgendermaßen an das Verbrechen: „Als sie zu schießen begannen, sprangen die Soldaten in die Weichsel. Ich tat das Gleiche, nur mit dem Unterschied, dass ich mich sofort unter die Uferböschung quetschte und von dort aus gut beobachten konnte, was auf der Weichsel geschah. Die Soldaten schwammen, und die Deutschen schossen auf sie wie auf wilde Enten, so dass keiner von ihnen dem Tod entkam”. Auch die Täter dieses grausamen Verbrechens entzogen sich der Verantwortung, wie leider auch bei vielen anderen.