Er war in der Medizin und in der Politik tätig. Als Jude setzte er sich für die Assimilierung von Glaubensgenossen in die polnische Nation ein. Als Politiker unterstützte er im 19. Jahrhundert die polnischen Unabhängigkeitsbestrebungen.
Jonatan Warschauer wurde am 2. März 1820 in Krakau geboren. Er besuchte dort das St. Anna-Gymnasium. Im Jahr 1843 promovierte er an der Medizinischen Fakultät der Jagiellonen-Universität Krakau zum Doktor der Medizin. Er beschäftigte sich jedoch nicht nur mit der Medizin.
Im Jahr 1846 brach der Krakauer Aufstand aus. Krakau befand sich damals in einem Staat namens Republik Krakau, der von Österreich, Russland und Preußen abhängig war. Diese drei Staaten hatten im 18. Jahrhundert drei gewaltsame Teilungen Polens durchgeführt, die dazu führten, dass Polen von der europäischen Landkarte verschwand. Der Krakauer Aufstand war einer von mehreren polnischen Versuchen, die Unabhängigkeit wiederzuerlangen.
Der Aufstand wurde von Jonatan Warschauer unterstützt. Er erwies sich nicht nur als hervorragender polnischer Arzt jüdischer Herkunft, sondern auch als großer Verfechter der Unabhängigkeit Polens und der Assimilation der Juden in die polnische Nation. Wegen seiner Unterstützung des Krakauer Aufstandes wurde er inhaftiert. Er war auch ein Anhänger des polnischen Aufstandes in Posen von 1848, der Teil des Völkerfrühlings war. Damals forderte er die Juden in Großpolen auf, die polnischen Bestrebungen zu unterstützen.
In den Jahren 1848 und 1866 wurde er in den Stadtrat von Krakau gewählt. Seine Ambitionen reichten jedoch weiter, da er versuchte, Mitglied des Galizischen Landtages und auch des Wiener Reichsrats zu werden. Leider war er nicht erfolgreich — wahrscheinlich wegen seines glühenden Einsatzes für die Assimilierung von Juden mit Polen. Seine Ansichten sind in einer Broschüre mit dem Titel „Über die Polonisierung der galizischen Juden” belegt. Er kämpfte gegen den Antisemitismus auch mit der Feder.
Warschauer führte eine unabhängige medizinische Praxis. Er publizierte in medizinischen Fachzeitschriften. Im Jahr 1880 wurde er Präsident der Medizinischen Gesellschaft in Krakau.
Er starb am 10. November 1888 in Krakau.