Während der deutschen Besatzung starben seit 1939 mehr als 2.200 Menschen im Lubliner Schlossgefängnis oder wurden ermordet. Etwa 4.500 weitere Häftlinge wurden bei Exekutionen in und um Lublin hingerichtet. Den letzten Mord verübten die Deutschen wenige Stunden vor ihrem Abzug aus Lublin am 22. Juli 1944 vormittags.

In den Jahren 1939-1944 diente das Gefängnis im Schloss Lublin (das Gebäude hatte diese Funktion auch während der Zeit des zaristischen Russlands und der Zweiten Polnischen Republik) als Hauptgefängnis im Distrikt Lublin des Generalgouvernements. Es wurde schnell zu einer Hinrichtungsstätte für Zehntausende von Menschen und galt als eines der schwersten Gefängnisse im von den Deutschen besetzten Polen. Zwischen 1939 und 1944 hielten die Nazis hier mehr als 40.000 Menschen gefangen. Die im Gefängnis herrschenden Bedingungen trugen ebenfalls zu der hohen Sterblichkeitsrate unter den Insassen bei. Die Zellen waren stark überfüllt. Häftlinge, die brutalen Untersuchungen ausgesetzt waren, erhielten oft keine medizinische Grundversorgung. In der Zwischenkriegszeit betrug die Kapazität des Gefängnisses 700 Insassen. Während der Besatzungszeit wurden jedoch oft bis zu 2.500 Menschen in denselben Räumen zusammengepfercht. Zwischen 1939 und 1944 wurden mehr als 2200 Menschen ermordet oder starben auf dem Gelände des Gefängnisses. Weitere 4.500 wurden bei Exekutionen in Lublin und in umliegenden Städten hingerichtet. Mehr als 18.000 Häftlinge wurden in Konzentrationslager gebracht, wo mehr als 3.500 starben. Zu den Gefangenen im Lubliner Schlossgefängnis gehörten Soldaten der polnischen Widerstandsbewegung, Vertreter der Vorkriegsintelligenz, Priester oder Juden.

Als sich die sowjetischen Truppen im Juli 1944 Lublin näherten, begannen die Deutschen mit der Liquidierung des Gefängnisses. Im Laufe von drei Tagen, zwischen dem 19. und 21. Juli 1944, deportierten die Nazis über 1.100 Menschen, die entweder im KL Majdanek – Lublin ermordet oder auf dem Weg dorthin in speziell vorbereiteten Wagen vergast wurden. Am 22. Juli 1944 um 9 Uhr morgens traf eine Gruppe von Gestapo-Männern unter der Leitung von SS-Hauptsturmführer Hermann Worthoff im Gefängnis ein. Die Deutschen drangen in eine der Abteilungen ein und begannen, die Gefangenen durch die Gitterstäbe hindurch zu erschießen. Dann ermordeten sie die Juden (einschließlich Frauen und Kinder), die in der Gefängnisschneiderei arbeiteten, und brachten dann Häftlinge aus anderen Zellen dorthin und ermordeten sie hier. In einem zweistündigen Massaker wurden über 300 Gefangene ermordet. Gegen Mittag verließen alle Deutschen das Gefängnis. Bald kamen die Einwohner von Lublin, die nach ihren Angehörigen suchten. Etwa 170 der Ermordeten wurden von ihren Familien abgeholt und begraben. Die anderen wurden in einem Massengrab am südlichen Fuß des Schlosses begraben. Von dort wurden sie Ende Februar 1954 exhumiert und auf dem Friedhof in der Lipowa-Straße in Lublin beigesetzt.