Während des Zweiten Weltkriegs wollte das nationalsozialistische Deutschland nicht nur die polnisch-deutsche Grenze dauerhaft nach Osten verschieben und die Bevölkerung der besetzten Gebiete germanisieren, sondern auch völlig neue gesellschaftliche Strukturen mit neuen Institutionen schaffen, die die Grundlage für die von Hitler erträumte totalitäre Zivilisation bilden sollten. Aus diesem Grund stand die Religion im Mittelpunkt des Interesses der deutschen Nazis.
In den von den Deutschen besetzten polnischen Gebieten, in den dem Dritten Reich eingegliederten Provinzen und im Quasi-Staat Generalgouvernement wurde eine unterschiedliche nationale und religiöse Politik betrieben. Die radikalsten Schritte auf religiöser Ebene wurden im Reichsgau Wartheland, der aus den westlichen Gebiete Polen gegründet wurde, vorgenommen. Der Reichsstatthalter des Warthelandes war Arthur Greiser, der formell direkt Hitler unterstellt war.
Der Reichsstatthalter sollte das Wartheland zu einem „Modellbezirk” machen, und so begann die ethnische Säuberung der Polen. Im Zusammenhang damit leerten die Deutschen das Vermögen der katholischen Kirche. Bereits 1939 begannen sie, Kircheneigentum zu beschlagnahmen. Diese Aktion war sehr wirksam, denn 1941 gab es in Posen nur noch zwei und in Łódź drei katholische Kirchen für Polen.
Die administrativen Plünderungen waren häufig mit der Deportation polnischer katholischer Geistlicher nach Generalgouvernement oder mit ihrer Unterbringung in Konzentrationslagern verbunden. Im Rahmen von vier großen Verhaftungswellen zwischen 1939 und 1941 wurden mehrere hundert Priester nach Dachau, Sachsenhausen und Buchenwald geschickt.
Es ist bezeichnend, dass Greiser die ihm von deutschen protestantischen und katholischen Priestern angebotene Unterstützung ablehnte. Obwohl sie Hitler für die Befreiung aus der „20-jährigen polnischen Gefangenschaft” dankbar waren, fielen sie selbst den Nazis zum Opfer, denn die neue Idee des „deutschen Ostens” bestand darin, das Christentum aus dem öffentlichen Leben zu eliminieren. Die Tätigkeit der evangelischen und katholischen Kirchengemeinden in diesem Gebiet wurde daher schrittweise eingeschränkt. Das Dekret vom 13. September 1941 ließ nur vier Kirchen zu, die als einfache Vereine behandelt wurden. Mitglied konnte man durch eine beim Standesamt ausgefüllte Erklärung werden, nicht durch die Taufe.
Ab Herbst 1941 konnte neben den drei deutschen evangelischen Kirchen nur noch die „römisch-katholische Kirche deutscher Nationalität“ bestehen. Wie die Forscher betonen, führte dies dazu, dass die polnische römisch-katholische Kirche im Wartheland außerhalb des Gesetzes gestellt wurde.