Im Bezirk Bialystok, der im Juli 1941 gegründet wurde, kamen etwa 210.000 Juden und etwa 72.000 Polen ums Leben. Während der deutschen Besatzung umfasste der Bezirk die Vorkriegs-Woiwodschaft Białystok (ohne Suwalszczyzna) und einen Teil der Landkreise Prużana und Brześć der ehemaligen Woiwodschaft Polesie. Im Herbst 1941 wurde der Bezirk um die Oblast Grodno erweitert.
Das größte Ghetto befand sich in Białystok. Es hatte zwischen 40 und 60 Tausend Einwohner. Seine Auflösung begann im Februar 1943, und die verbliebene jüdische Bevölkerung wurde im so genannten „kleinen Ghetto” konzentriert, die jedoch kurz später ebenfalls aufgelöst wurde. Die Deportation der Ghettoeinwohner begann am 8. September 1943. Sie wurden in Vernichtungslager (Belzec, Auschwitz-Birkenau) und Konzentrationslager (Majdanek) gebracht.
Die wenigen überlebenden Juden arbeiteten bei der Demontage von Maschinen in Fabriken sowie beim Sortieren und Transportieren von jüdischem Eigentum, das in die der Treuhandstelle unterstellten Lagerhäuser in der Kolejowa-Straße gebracht wurde. Bei der Räumung des Ghettos von Wertgegenständen halfen später auch Kriegsgefangene, die in Baracken in der Nähe des Bahnhofs untergebracht waren.
Das letzte tragische Ereignis für die überlebenden Juden in Białystok war die Gründung des Sonderkommandos 1005, das aus 43 Personen bestand. Es wurde von Waldemar Macholl (SS-Hauptsturmführer) organisiert, um die Spuren der Nazi-Verbrechen zu verwischen. Im Juli 1944 ahnten die Juden des Kommandos 1005, dass die Deutschen sie ermorden wollen, aber ihre Fluchtchancen waren begrenzt, da sie im Gefängnis saßen, von wo aus sie zu „Aktionen” geschickt wurden. Erst während der Hinrichtung versuchten die „Heizer“, wie sie genannt wurden, zu fliehen. Neun von ihnen waren erfolgreich, 34 wurden erschossen. Nach 14 Tagen erlebten die Glücklichen das Ende der deutschen Besatzung.
Zu den Überlebenden gehörten u.a. Chaim Wróbel, Zeuge bei Macholls Prozess in Białystok, und Szymon Amiel. Der letzte sagte aus, dass im Mai 1944 ein Auto vom Gefängnis in Białystok aus acht Wochen lang Mitglieder des Kommandos in Handschellen zu Orten des Massenmords in der Nähe von Augustów, Grodno, Siedlce und Białystok fuhr, wo sie unter Androhung der Todesstrafe den Befehl erhielten, die Leichen zu verbrennen, die Knochen zu zermahlen und die Asche zu verstreuen.
Es wird geschätzt, dass lediglich 260 Personen von allen Ghettobewohnern den Krieg überlebten, hauptsächlich in Lagern und Partisaneneinheiten, aber auch in Verstecken auf der „arischen Seite”.