Когда началась Вторая мировая война, Магдалена Гродзка-Гужковская была подростком. Она объявила личную войну Гитлеру и вступила в польское подполье. Она также помогала преследуемым евреям.

Магдалене Гродзка-Гужковской было 14 лет, когда Германия вторглась в Польшу 1 сентября 1939 года, что стало началом Второй мировой войны. Несмотря на катастрофу, поразившую Польшу и весь мир, она продолжала свое образование. Она училась в так называемых секретных классах. Это был особый способ обучения в оккупированной Польше, организованный втайне от захватчиков. В таких обстоятельствах она сдала экзамен на аттестат зрелости и начала изучать медицину.

Уже на следующий год, после начала Второй мировой войны, она вступила в подпольные структуры Польского подпольного государства и, как она выразилась, объявила личную войну Гитлеру. Среди прочего, она принадлежала к Союзу Вооруженной Борьбы — Армии Крайовой, где действовала в качестве офицера связи, разнося сообщения и помогая беглецам пересекать «зеленую границу». Магдалена  также переводила информацию с Би-би-си. В 1942 году она присоединилась к группе, исполнявшей приговоры, вынесенные специальными судами подпольной Польши тем, кто совершил государственную измену и сотрудничал с немецкими оккупантами. В 1944 году она приняла участие в Варшавском восстании — крупнейшем вооруженном антинемецком восстании во время Второй мировой войны.

Одним из направлений ее деятельности было сотрудничество с Советом помощи евреям » Жегота» — польской подпольной организацией, которая занималась спасением евреев, преследуемых немцами. Гродзка-Гужковская учила взрослых евреев, как им следует себя вести, чтобы немцы не узнали, что они евреи. Такое обучение было особенно полезно для тех, кто получил так называемые арийские документы. Это были поддельные документы, удостоверяющие, что человек не является евреем или что он христианин.  Гродзка-Гужковская учила евреев не только католическим молитвам, но и заботилась о таких деталях, как одежда или манера ходить.

«Я учила еврейских женщин ходить так. Сначала они были в полном ужасе, я показала им, как это делается и они поверили — что шляпа не должна быть в таком виде — только так, чтобы лицо загарало», сказала она в интервью одному из порталов.

Гродзка-Гужковская также заботилась о еврейских детях, которым удалось бежать из Варшавского гетто. Позже, после Второй мировой войны, она стала психотерапевтом для детей-аутистов.

В 2008 году Яд Вашем наградил ее медалью «Праведник народов мира».

Она умерла 6 января 2014 года.