W dniu 17 września 1939 r. wojska sowieckie wkroczyły na teren Polski. Agresja ta była konsekwencją układu zawartego między III Rzeszą a Związkiem Sowieckim z 23 sierpnia 1939 r, zwanego od nazwisk osób go podpisujących jako pakt Ribbentrop-Mołotow. Agresja sowiecka przypieczętowała upadek II Rzeczypospolitej. Armia polska tocząca od 1 września 1939 r. zacięte walki z Niemcami, nie była w stanie, również z uwagi na brak jakiejkolwiek realnej pomocy ze strony Francji i Wielkiej Brytanii, stawić oporu wojskom obydwu najeźdźców. W dniu 28 września III Rzesza i Związek Sowiecki zawarły traktat regulujący przebieg wspólnej granicy. Do tego dokumentu dołączono dodatkowe zapisy, w których stwierdzano: „Obie strony nie będą tolerowały na swoich obszarach żadnej agitacji polskiej, oddziałującej na tereny drugiej strony. Wszelką tego typu agitację będą na swoich terenach likwidować w zarodku i będą informować się wzajemnie o wskazanych dla tej działalności środkach”
Te ustalenia stanowiły wstęp do wspólnej, niemieckiej i sowieckiej akcji eksterminacyjnej, która została skierowana przeciwko polskim elitom. Na terenach ówczesnej wschodniej Polski, które zostały zajęte przez Związek Sowiecki, znalazło się wielu polskich żołnierzy cofających się przed naporem armii niemieckiej. Na Kresy Wschodnie trafiły również tysiące funkcjonariuszy polskiej policji ewakuowanych z terenów zajmowanych przez Niemców. Do niewoli sowieckiej ogółem dostało się ponad 200 tys. żołnierzy i oficerów oraz kilkanaście tysięcy funkcjonariuszy policji, straży więziennej czy żołnierzy Korpusu Ochrony Pogranicza (KOP).
Władze sowieckie od razu oddzielały oficerów od reszty żołnierzy. Ci pierwsi, którzy w czasach pokoju tworzyli elitę intelektualną Polski, byli kierowani do specjalnie wydzielonych obozów. Wśród nich znaleźli się m.in. prawnicy, lekarze, nauczyciele czy też urzędnicy. Jeńcy zostali osadzeni w obozach w Starobielsku, Kozielsku oraz w Ostaszkowie. W tym ostatnim uwięzieni zostali przede wszystkim policjanci, strażnicy więzienni i żołnierze KOP.
Późną jesienią 1939 r. wszyscy jeńcy byli przesłuchiwani przez funkcjonariuszy sowieckiego aparatu bezpieczeństwa – NKWD. Badania te miały na celu wysondowanie, czy jeńcy byliby skłonni zgodzić się na współpracę z Sowietami. Przytłaczająca większość nie wyraziła na to zgody. Natomiast nieliczni, zdaniem NKWD dobrze rokujący, zostali przeniesieni do innych obozów w celu dalszej ich indoktrynacji.
Jeńcy, którzy pozostali w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie mieli możliwość prowadzenia korespondencji ze swoimi rodzinami, które w większości znalazły się pod niemiecką okupacją. Listy od uwięzionych, a najczęściej kartki pocztowe, były wysyłane do najbliższych do wiosny 1940 r. Później kontakt się całkowicie urwał.
Na początku marca 1940 r. szef NKWD Ławrentij Beria skierował pismo do sowieckiego dyktatora Józefa Stalina, w którym poinformował go:
„W obozach dla jeńców wojennych NKWD ZSRS i w więzieniach zachodnich obwodów Ukrainy i Białorusi w chwili obecnej znajduje się duża liczba byłych oficerów armii polskiej, byłych pracowników policji polskiej i organów wywiadu, członków nacjonalistycznych, kontrrewolucyjnych partii, członków ujawnionych kontrrewolucyjnych organizacji powstańczych, uciekinierów i in. Wszyscy są zatwardziałymi wrogami władzy sowieckiej, pełnymi nienawiści do ustroju sowieckiego”.
W dalszej części pisma Beria prosił Stalina o wyrażenie zgody na rozpatrywanie spraw osadzonych przed Kolegium Specjalnym NKWD (de facto quasi-sądem) w trybie specjalnym, „z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary – rozstrzelanie”. Tryb specjalny oznaczał brak konieczności wzywania aresztowanych i przedstawiania im zarzutów oraz aktu oskarżenia, a także decyzji o zakończeniu śledztwa. Zgodnie z sugestią Berii władze sowieckiej partii komunistycznej, na czele z Józefem Stalinem, zatwierdziły ten wniosek. Na podstawie tej decyzji szef NKWD rozkazał wymordowanie jeńców polskich, perfidnie pisząc o trybie ich zagłady jako o „rozładowaniu” miejsc ich osadzenia.
Akcja mordowania polskich jeńców rozpoczęła się 3 kwietnia od likwidacji osadzonych w Kozielsku. Dwa dni później te same zbrodnicze działania podjęto w pozostałych obozach, tj. w Starobielsku i Ostaszkowie. Cała operacja była precyzyjnie zaplanowana. Więźniów z Kozielska transportowano w ciasnych wagonach kolejowych do stacji Gniezdowo w okolicach Smoleńska, skąd byli pakowani do autobusu więziennego, który zawoził ich do lasu w Katyniu. Tam Polacy byli zabijani strzałem w tył głowy. Zamordowanych grzebano w masowych grobach. Szereg powyższych zbrodni nosi nazwę zbrodni katyńskiej.
Jeden z polskich oficerów, major Adam Solski, przed zamordowaniem zdążył zanotować:
„Przywieziono mnie gdzieś do lasu, coś w rodzaju letniska. Tu szczegółowa rewizja. Zabrano zegarek, na którym była godzina 6.30, pytano mnie o obrączkę, zabrano ruble, pas główny, scyzoryk…”.
Łącznie w Katyniu do 13 maja 1940 r. zamordowano 4400 Polaków.
Jeńcy z obozu w Starobielsku z kolei byli mordowani w piwnicach budynku NKWD w Charkowie, a grzebano ich obok wsi Piatichatki, natomiast osadzonych w Ostaszkowie funkcjonariusze NKWD mordowali w podziemiach budynku tego organu zlokalizowanego w Kalininie (dzisiejszym Twerze), a chowano ich koło wsi Miednoje.
Represje dotknęły również rodziny ofiar zbrodni katyńskiej, które zamieszkiwały na terenach okupowanych przez Związek Sowiecki. W nocy z 12 na 13 kwietnia 1940 r., a więc dokładnie w tym samym czasie, kiedy funkcjonariusze NKWD mordowali jeńców polskich, ich najbliżsi zostali deportowani w głąb Związku Sowieckiego, przede wszystkim na teren dzisiejszego Kazachstanu. Łącznie przymusowo swoje miejsca zamieszkania musiało opuścić, według danych NKWD, ponad 60 tys. osób. Decyzja o zorganizowaniu tej deportacji została podjęta na początku marca 1940 r., czyli dokładnie w tym samym czasie, kiedy postanowiono wymordować polskich jeńców.