6 listopada 1939 r. Niemcy aresztowali w Krakowie 183 polskich profesorów i innych naukowców. Zdecydowana większość z nich została przewieziona do niemieckiego obozu w Sachsenchausen. Część z nich nie przeżyła pobytu w tym miejscu. .
Po agresji III Rzeszy na Polskę, Kraków został zajęty przez Niemców 6 września 1939 r. Od początku okupanci stosowali terror wobec mieszkańców miasta. Zgodnie z założeniami polityki nazistowskiej Polska miała być rezerwuarem taniej, a wręcz darmowej siły roboczej, niezbędnej dla funkcjonowania machiny wojennej. Część zajętych polskich terenów przez III Rzeszę została do niej bezpośrednio włączona, a z reszty w październiku 1939 r. utworzono Generalne Gubernatorstwo (GG). Na czele tego quasi-tworu państwowego stanął Hans Frank. Jako siedzibę władz okupacyjnych wyznaczono Kraków, który przed Warszawą przez długie lata był stolicą Polski. W tym mieście również od 1364 r. funkcjonowała najstarsza polska uczelnia wyższa – Uniwersytet Jagielloński (UJ), kształcący przez stulecia kolejne pokolenia Polaków i zatrudniający wielu wybitnych i cenionych na całym świecie naukowców.
W II połowie października 1939 r. władze uczelni podjęły decyzję o wznowieniu działalności, ustalając, że rozpoczęcie nowego roku akademickiego nastąpi w poniedziałek 6 listopada (datę później przesunięto o tydzień na 13 listopada). Inauguracja miała być tradycyjnie poprzedzona mszą św. odprawioną 4 listopada w akademickim kościele św. Anny. Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego, profesor Tadeusz Lehr-Spławiński poinformował o tym, sprawującego od 27 września 1939 r. urząd okupacyjnego komisarza miasta, Ernsta Zörnera, który nie sprzeciwił się tym planom.
Całkowicie odmienne stanowisko zajął jednak Bernhard Rust, niemiecki minister nauki, wychowania i oświaty, który w piśmie z 31 października 1939 r., skierowanym do generalnego gubernatora Hansa Franka zobowiązał go do całkowitego uniemożliwienia wznowienia zajęć na Uniwersytecie Jagiellońskim. Aby to zrealizować, Niemcy podjęli decyzję o aresztowaniu profesorów i innych pracowników uczelni. Zrobili to w ramach operacji, która później została nazwana przez historyków Sonderaktionn Krakau, natomiast sami okupanci nazywali ją Aktion gegen Universitäts Professoren, ponieważ taką podstawę aresztowania wpisywali w karty więźniów.
W dniu 3 listopada 1939 r. z profesorem Tadeuszem Lehrem-Spławińskim spotkał się oficer SS Bruno Müller, który polecił rektorowi zorganizowanie spotkania z pracownikami uczelni 6 listopada. Müller miał wygłosić prelekcję dotyczącą niemieckiego stosunku do nauki i szkolnictwa wyższego. Rektor nie przeczuwając podstępu, pospiesznie powiadomił o terminie spotkania kadrę naukową uniwersytetu.
SS-man w trakcie działań wojennych we wrześniu był dowódcą Einsatzkommando 2/I, jednostki działającej na zapleczu frontu na terenie Górnego Śląska i Małopolski. Jej członkowie byli odpowiedzialni za mordowanie polskiej inteligencji w oparciu o listy proskrypcyjne na Górnym Śląsku. Müller w późniejszym okresie brał również osobiście udział w eksterminacji ludności żydowskiej. Po zakończeniu II wojny światowej został aresztowany przez Brytyjczyków i skazany na 20 lat więzienia, ale na wolność wyszedł już w 1953 r. i nie odpowiedział za większość popełnionych zbrodni.
Wykład Müllera miał mieć miejsce 6 listopada 1939 r. w sali wykładowej nr 66 Colegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zabudowania uczelni zostały otoczone wcześniej niemieckimi siłami porządkowymi, wielu funkcjonariuszy SS znalazło się w budynku. Punktualnie o godz. 12.00 Bruno Müller wkroczył do sali i wygłosił krótki komunikat. Tak jego treść zapamiętali obecni na auli wykładowcy: „Uniwersytet tutejszy rozpoczął rok akademicki, nie uzyskawszy uprzednio pozwolenia władz niemieckich. Jest to zła wola. Ponadto jest powszechnie wiadomo, że wykładowcy byli zawsze wrogo nastawieni wobec nauki niemieckiej. Z tego powodu wszyscy obecni, z wyjątkiem trzech obecnych kobiet, będziecie przewiezieni do obozu koncentracyjnego. Jakakolwiek dyskusja, a nawet jakakolwiek wypowiedź na ten temat jest wykluczona. Kto stawi opór przy wykonywaniu mego rozkazu będzie zastrzelony”.
Na sygnał dany przez Müllera do auli wkroczyli funkcjonariusze SS i rozpoczęli wyprowadzanie obecnych tam naukowców. Część z nich próbowała protestować i wygłaszać oświadczenia. Spotkało się to jednak z brutalną reakcją Niemców, którzy m.in. spoliczkowali i kopnęli 70-letniego prof. Stanisława Estreichera, byłego rektora UJ.
W wyniku Sonderaktion Krakau naziści zatrzymali łącznie 183 osoby, w większości pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wśród aresztowanych znaleźli się również naukowcy z innych uczelni Krakowa, ale także z Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie czy Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Wśród niech było wielu cenionych w całym świecie naukowym profesorów.
Zatrzymani zostali przewiezieni do więzienia przy ul. Montelupich w Krakowie, potem osadzono ich w budynku byłych koszar wojskowych przy ul. Mazowieckiej. Pod koniec listopada 1939 r. zostali wywiezieni do obozu w Sachsenchausen niedaleko Berlina. Tutaj na miejscu mieli spotkać Rudolfa Hössa, pełniącego wówczas funkcję kierownika tego obozu. Höss na wiosnę 1940 r. został komendantem nowoutworzonego KL Auschwitz. Wskutek nacisków dyplomatycznych, apeli zagranicznych środowisk naukowych, Niemcy w lutym 1940 r. zwolnili profesorów urodzonych przed 1900 rokiem, część pozostałych została przeniesiona do KL Dachau, skąd była sukcesywnie zwalniana. Niestety 20 z nich nie doczekało wolności. W KL Sachsenhausen zmarł m.in. w grudniu 1939 r. wspomniany wcześniej prof. Estreicher i wielu innych. Niemcy w późniejszym okresie zamordowali mających żydowskie pochodzenie profesorów Leona Sternbacha i Joachim Mettalmanna.