W okresie okupacji niemieckiej w Więzieniu na Zamku w Lublinie od 1939 r. zmarło lub zostało zamordowanych ponad 2200 osób. Około 4500 kolejnych więźniów zostało straconych w egzekucjach w Lublinie i w okolicach. Ostatniego mordu Niemcy dokonali na kilka godzin przed opuszczeniem Lublina przed południem 22 lipca 1944 r.
W okresie 1939-1944 Więzienie na Zamku w Lublinie (budynek również pełnił tę funkcję w okresie carskiej Rosji i w II Rzeczypospolitej) pełniło rolę głównego więzienia w dystrykcie lubelskim Generalnego Gubernatorstwa. Szybko stało się miejscem kaźni dziesiątków tysięcy ludzi i uznawane było za jedno z najcięższych więzień w okupowanej przez Niemców Polsce. W okresie 1939-1944 naziści uwięzili tu ponad 40 tyś. osób. Warunki jakie panowały w więzieniu, przyczyniały się również do dużej śmiertelności wśród osadzonych. Cele były znacznie przepełnione. Więźniowie poddani brutalnym śledztwom, pozbawieni byli często podstawowej opieki medycznej. W okresie międzywojennym pojemność więzienia wynosiła 700 osadzonych. Natomiast w czasie okupacji Niemcy do tych samych pomieszczeń wtłaczali często blisko 2500 osób. W latach 1939-1944 na terenie więzienia zostało zamordowanych lub też zmarło ponad 220 osób. Kolejne 4500 zostało straconych w egzekucjach na terenie Lublina i w okolicznych miejscowościach. Ponad 18 tys. osadzonych zostało wywiezionych do obozów koncentracyjnych, gdzie zginęło ponad 3500 osób. Wśród osadzonych w Więzieniu na Zamku w Lublinie byli żołnierze polskiego ruchu oporu, przedstawiciele przedwojennej inteligencji, księża czy Żydzi.
W związku ze zbliżaniem się wojsk sowieckich do Lublina w lipcu 1944 r. Niemcy rozpoczęli likwidację więzienia. Przez trzy dni między 19 a 21 lipca 1944 r. naziści wywieźli ponad 1100 osób, które zostały zamordowane w KL Majdanek – Lublin, lub też zagazowane po drodze w specjalnie przygotowanych samochodach. 22 lipca 1944 r. o 9 rano do więzienia przybyła grupa gestapowców SS-Hauptsturmführerem Hermannem Worthoffem na czele. Niemcy udali się na jeden z oddziałów, gdzie zaczęli strzelać do więźniów przez kraty. Następnie wymordowali Żydów (w tym kobiety i dzieci) pracujących w więziennym arsztacie krawieckim, a następnie przyprowadzali tam więźniów z innych cel i tutaj ich mordowali. W ciągu trwającej 2 godziny masakrze zamordowano ponad 300 więźniów. Około południa wszyscy Niemcy opuścili więzienie. Do środka zaczęli wkrótce wchodzić mieszkańcy Lublina poszukujący swoich bliskich. Około 170 zamordowanych zostało zabranych i pochowanych przez rodziny. Pozostałych pogrzebano w zbiorowej mogile u południowego podnóża Zamku. Stamtąd ekshumowano ich na cmentarz przy ul. Lipowej w Lublinie pod koniec lutego 1954 r.