Podczas drugiej wojny światowej nazistowskie Niemcy chciały nie tylko trwale przesunąć granicę polsko-niemiecką na wschód i zgermanizować ludność okupowanych terytoriów, lecz również zamierzały stworzyć zupełnie nowe struktury społeczne, z nowymi instytucjami, które mogły stanowić podstawy totalitarnej cywilizacji, o której marzył Hitler. Dlatego religia znalazła się w centrum zainteresowania niemieckich nazistów.

Na okupowanych przez Niemców ziemiach polskich, w prowincjach włączonych do III Rzeszy oraz w quasi-państewku Generalnym Gubernatorstwie prowadzono odmienne polityki narodowościowe i wyznaniowe. Najradykalniejsze posunięcia na płaszczyźnie religijno-wyznaniowej zaszły w Okręgu Rzeszy Kraju Warty. Był to teren utworzony z zachodnich ziem Polski. Namiestnikiem Kraju Warty został Arthur Greiser, który formalnie, bezpośrednio podlegał Hitlerowi.

Namiestnik miał uczynić Kraj Warty „wzorcowym okręgiem”, dlatego rozpoczęły się czystki etniczne Polaków. Na fali rozprawy z nimi Niemcy uszczuplili majątek Kościoła katolickiego. Już w 1939 r. przystąpili do konfiskaty mienia kościelnego. Akcja ta była bardzo skuteczna, ponieważ do 1941 r. w Poznaniu czynne były tylko dwa kościoły katolickie dla Polaków, a w Łodzi trzy.

Grabież administracyjna łączyła się często z wysiedleniami polskich duchownych katolickich do Generalnego Gubernatorstwa lub była związana z umieszczaniem ich w obozach koncentracyjnych. W wyniku aż czterech wielkich fal aresztowań przeprowadzonych w latach 1939-1941 kilkuset księży zostało wysłanych do Dachau, Sachsenhausen i Buchenwaldu.

Znamienne, że Greiser odrzucił wsparcie, jakie oferowali mu niemieccy księża ewangeliccy i katoliccy. Choć byli wdzięczni Hitlerowi za wyzwolenie ich z „polskiej 20-letniej niewoli”, to sami padli ofiarą nazistów, ponieważ nowa idea „Niemieckiego Wschodu” zakładała eliminację chrześcijaństwa z życia publicznego. Stopniowo ograniczano więc działanie parafii ewangelickich i katolickich na tym terenie. Kluczowe było rozporządzenie z 13 września 1941 r., które zezwalało na funkcjonowanie tylko czterech Kościołów, traktowanych jako zwykłe stowarzyszenia. Ich członkiem można było zostać przez deklarację wypełnioną w urzędzie stanu cywilnego, a nie przez chrzest.

Od jesieni 1941 r., oprócz trzech niemieckich Kościołów ewangelickich, mógł istnieć tylko „Kościół rzymskokatolicki narodowości niemieckiej”. Jak podkreślają badacze, spowodowało to, że polski Kościół rzymskokatolicki w Kraju Warty został wyjęty spod prawa.