W trakcie prowadzenia działań wojennych na terenie ziem polskich we wrześniu 1939 r. Niemcy dopuścili się szeregu zbrodni, których ofiarami byli wzięci do niewoli jeńcy wojenni oraz bezbronni cywile. Ich sprawcami okazali się nie tylko członkowie specjalnie utworzonych przed agresją niemiecką z 1 września 1939 r. Einsatzgruppen (Grupy Operacyjne), ale i również nierzadko żołnierze Wehrmachtu.

Niespełna na dziesięć dni przed atakiem na Polskę,  22 sierpnia 1939 r. z ust Adolfa Hitlera  na naradzie wyższych dowódców w Berchtesgaden padły polecenia, które podczas kampanii wrześniowej 1939 r. były skrupulatnie realizowane.

 „Zniszczenie Polski jest naszym pierwszym zadaniem. Celem musi być nie dotarcie do jakiejś oznaczonej linii, lecz zniszczenie siły żywej. Nawet gdyby na Zachodzie miała wybuchnąć wojna, zniszczenie Polski musi być pierwszym naszym zadaniem. Decyzja musi być natychmiastowa ze względu na porę roku. Dla celów propagandowych podam jakąś przyczynę wybuchu wojny. Mniejsza z tym, czy będzie ona wiarygodna. Zwycięzcy nikt nie pyta, czy powiedział prawdę, czy też nie. W sprawach związanych z rozpoczęciem i prowadzeniem wojny nie decyduje prawo, lecz zwycięstwo. Bądźcie bez litości, bądźcie brutalni.”

Osiągnięcie powyższych zbrodniczych celów nie było by możliwe bez utworzenia  Einsatzgruppen (Grupy Operacyjne). Ramy ich działalności  były określone przez Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA). W lipcu 1939 r. na podstawie porozumienia z dowództwem Wehrmachtu utworzono 5 jednostek Einsatzgruppen, które miały zostać później przydzielone do każdej z niemieckich armii przygotowujących się do agresji na Polskę. We wrześniu 1939 r. sformowano dwie kolejne grupy. Oddziały te miały podążać w głąb Polski zaraz za oddziałami Wehrmachtu. Do ich zadań należało zatrzymywanie osób, których dane zostały przygotowane w listach proskrypcyjnych w oparciu o powstały w 1939 r. „List wrogów Rzeszy” – niem. „Sonderfahndungsbuch Polen”

Na podstawie dyspozycji samego Adolfa Hitlera dowódcy Einsatzgruppen mieli prawo podejmować decyzje o rozstrzeliwaniu zatrzymanych osób, które podejrzewano o stawianie oporu, nawet bez decyzji policyjnych sądów doraźnych.. Na listach proskrypcyjnych byli m.in. uczestnicy powstań śląskich i powstania wielkopolskiego. Przyjmuje się, że w okresie wrzesień-październik 1939 r. grupy te przeprowadziły blisko 1000 egzekucji, w trakcie których zamordowano około 50 tys. osób. Całej operacji nadano kryptonim „Tannenberg”, co zapewne symbolicznie znamionowało krwawą zemstę za klęskę pod Grunwaldem w 1410 r. W ramach tej zbrodniczej działalności funkcjonariusze Einsatzgruppen byli bardzo często wspierani przez członków „Selbstschutzu”, czyli przez paramilitarną formację, grupującą przedstawicieli niemieckiej mniejszości narodowej, którzy  mieszkali na terenie Polski.

We wrześniu 1939 roku zbrodnie wojenne na bezbronnej ludności cywilnej i jeńcach wojennych były również dokonywane  przez oddziały Wehrmachtu,  wśród których panowała antypartyzancka psychoza. Była ona podsycana przez niemiecką propagandę która przekonywała, że Polacy to naród zdradziecki i podstępny. W nocy z 1 na 2 września 1939 r. w zajętej przez Niemców przygranicznej wsi Torzeniec w Wielkopolsce wybuchła strzelanina, w wyniku której zginęło trzech Niemców. Najprawdopodobniej była ona efektem paniki i ostrzelania się wzajemnego przez żołnierzy Wehrmachtu. Uznano jednak, że był to atak ze strony polskich mieszkańców, co spowodowało zamordowanie 16 Polaków i podpalenie kilku zabudowań. Rano 2 września dowódca niemieckiego 41. Pułku Piechoty polecił zebranie wszystkich mieszkańców wsi i po oddzieleniu wszystkich mężczyzn – tych skazano na karę śmierci, którą niezwłocznie wykonano na co drugim skazanym. Łącznie zamordowano w ten sposób 19 osób. W tym samym czasie inna niemiecka jednostka całkowicie spaliła sąsiednią wieś Wyszanów, mordując 22 osoby, w tym kobiety i dzieci.

Z kolei 4 września 1939 r. żołnierze z 46. Dywizji Piechoty zamordowali około 500 cywilnych mieszkańców  Częstochowy (wśród nich byli Polacy i Żydzi). Podłoże było takie samo jak opisywane wcześniej w Torzeńcu. Zatrzymywanych trzymano na miejskich placach, a następnie rozstrzelano i pogrzebano w rowach przeciwlotniczych. Nikt ze sprawców tej zbrodni nie poniósł nigdy jakiejkolwiek odpowiedzialności. Kilka dni później w Bydgoszczy zamordowano kilka tysięcy Polaków. Była to zemsta za wydarzenia z 3 i 4 września, wówczas zabitych zostało 300 Niemców, w większości przeszkolonych dywersantów, którzy strzelali do wycofujących się z miasta oddziałów polskich.

Jeszcze inny przykład zbrodni:  18 września 1939 r. w Śladowie nieopodal Sochaczewa Niemcy,  zamordowali nad Wisłą około 300 osób, z których połowę stanowili jeńcy wojenni a drugą połowę mieszkańcy okolicznych wsi. Jedna z ocalonych osób tak wspominała tę zbrodnię „Gdy zaczęli strzelać, poczęli żołnierze skakać do Wisły. Ja uczyniłem to samo, tylko z tą różnicą, że od razu wcisnąłem się pod burtę brzegu i stamtąd mogłem dobrze obserwować, co działo się na Wiśle. Żołnierze pływali, a Niemcy strzelali do nich, jak do dzikich kaczek, tak że żaden z nich nie uszedł śmierci”. Sprawcy tej okrutnej zbrodni też uniknęli odpowiedzialności za nią, podobnie jak niestety  za wiele innych.