Po stłumieniu powstania listopadowego zaborca rosyjski postanowił wznieść w Warszawie twierdzę. Wypełniała ona wszelkie znamiona cytadeli, stając się symbolem carskiego ucisku. Służyła temu, by utrzymać w posłuszeństwie mieszkańców Królestwa Polskiego, a szczególnie by pacyfikować wszelkie przejawy polskiego ruchu niepodległościowego. W twierdzy znajdował się Pawilon X, czyli więzienie śledcze, ponadto aż 104 kazamaty, oraz pełniła ona rolę miejsca straceń.

Twierdzę wzniesiono w 1834 r. za panowania cara Mikołaja I. Motywacje, jakimi kierowali się Rosjanie, dobrze oddaje jeden z podręczników na temat tzw. fortyfikacji stałej: „Gdy zaś w nowozawojowanych miastach obawiano się buntu licznych i nieprzyjaznych mieszkańców, budowano w nich  czasem niewielkie warownie, nazwane cytadelami, w których w czasie podniesionego buntu, załoga mogła chronić i przeciwko miastu bronić się mogła. Najbardziej zaś starano się budować cytadele w najwyższej części miasta, lub też nad płynącą pod nim rzeką […] żeby mieć komunikację z rzeką i być jej panem…”.

Choć Cytadela, zwana w XIX w. Aleksandrowską, rzeczywiście została zbudowana już w 1834 r., to ciągle ją modernizowano. Ostatecznie prace zakończono dopiero w 1874 r. Z budowlą wiązały się ogromne koszty. Łącznie była to suma 11 milionów rubli, czyli w przeliczeniu na dzisiejsze pieniądze 128 milionów euro. Zaciągnięto je jako bezzwrotną pożyczkę w kasy miejskiej miasta Warszawy i z Banku Polskiego.

W literaturze przedmiotu często powtarza się, ze przez Cytadelę przeszli niemal wszyscy wybitni rewolucjoniści i działacze niepodległościowi z Królestwa Polskiego.  W okresie nasilenia tych ruchów zmieniała się ona w wielkie, przepełnione więzienie. Kazamaty szczególnie zapełniały się więźniami politycznymi w 1863-1864 (powstanie styczniowe) i w latach rewolucji 1905-1907. W północnej kaponierze swój więzienny żywot pędzili powstańcy styczniowi, dlatego miejsce to nazwano w późniejszym okresie „narożnikiem powstańców”.

Swoją szczególną historię ma także niezachowany do dziś szaniec Śliwickiego, ponieważ to tam znajdował się punkt wysyłkowy na Sybir. Tutaj rodziny żegnały więźniów, którzy w kibitkach byli etapem wywożeni na zesłanie.

Miejscem straceń były stoki Cytadeli. W tym celu ustawiono w pobliżu szubienice. Zwłoki grzebano na miejscu lub w fosach, a także na zboczu skarpy wiślanej.

W cytadeli stacjonowało od 5 do 16 tys. żołnierzy. Nigdy nie pełniła ona funkcji obronnych.