Zajmował się medycyną i polityką. Jako Żyd, dążył do asymilacji współwyznawców z  narodem polskim. Jako polityk, popierał polskie dążenia niepodległościowe w XIX w.

Jonatan Warschauer urodził się 2 marca 1820 r. w Krakowie. Uczęszczał do tamtejszego gimnazjum św. Anny. W 1843 r. uzyskał stopień doktora nauk medycznych na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Nie zajmowała go jednak wyłącznie medycyna. 

W 1846 r. wybuchło powstanie krakowskie. Kraków znajdował się w państwie o nazwie Rzeczpospolita Krakowska, które zależne było od Austrii, Rosji i Prus. Te trzy państwa w XVIII w. dokonały przemocą trzech rozbiorów Polski, które doprowadziły do usunięcia Polski z mapy Europy. Powstanie Krakowskie było jedną z kilku polskich prób do wybicia się na niepodległość. 

Zryw ten poparł Jonatan Warschauer. Okazał się być nie tylko znakomitym polskim lekarzem żydowskiego pochodzenia, ale także wielkim orędownikiem odzyskania przez Polskę niepodległości i asymilacji Żydów z narodem polskim. Za poparcie powstania krakowskiego wtrącono go do więzienia. Był także entuzjastą powstania poznańskiego w 1848 r., będącego częścią Wiosny Ludów. Nawoływał wtedy Żydów z Wielkopolski  do poparcia polskich dążeń. 

W 1848 r. i 1866 r. wybierano go do Rady Miejskiej Krakowa. Jego ambicje sięgały jednak wyżej, ponieważ próbował zostać posłem Sejmu Krajowego, a także wiedeńskiej Rady Państwa.  Niestety nie odniósł  sukcesu – prawdopodobnie z powodu gorącego popierania asymilacji Żydów z Polakami. O jego poglądach świadczy broszura pt. „O spolszczeniu Żydów galicyjskich” z 1882 r. Piórem walczył również z antysemityzmem. 

Prowadził samodzielną praktykę lekarską. Publikował w czasopismach medycznych. W 1880 r. został prezesem Towarzystwa Lekarskiego w Krakowie. 

Zmarł 10 listopada 1888 r. w Krakowie.