חיילים יהודים ששירתו בצבא הפולני לקחו חלק פעיל במלחמת ההגנה של 1939, והגנו על פולין מפני הפולשים הגרמנים והסובייטים. את קבריהם ניתן למצוא, בין היתר, בבית הקברות היהודי ברחוב אוקופובה בוורשה. קצינים יהודים שנתפסו על ידי הסובייטים חלקו את גורלם של אלפי בני גילם הפולנים.

לפי הערכות שונות, בין 100,000 ל-150,000 אזרחים ממוצא יהודי גויסו להגנת הרפובליקה הפולנית השנייה בשנת 1939. הם היוו 10-15% מכלל האוכלוסייה המגויסת. קשה מאוד לקבוע את מספר האבדות המדויק בקרב חיילים יהודים. ההערכות נעות בין 7,000 הרוגים ל-32,000 הרוגים ופצועים ו-35,000-65,000 שבויים. הגרמנים שחררו עשרות אלפי חיילי צבא פולין ממוצא יהודי לבתיהם בסוף 1940, רק כדי להציבם מאוחר יותר כאזרחים בגטאות ובמחנות ריכוז. ההערכה היא שבין 1940 ל-1943, רצחו הגרמנים כ-3,000 חיילים יהודים ותת-קצינים ביחידות הצבא הפולני.

גורלם של שבויי המלחמה היהודים בשבי הסובייטי היה דומה לגורלם של חבריהם הפולנים. רוב הטוראים נשלחו למחנות עבודה עונשיים, שבהם תנאי החיים והתברואה היו זוועתיים. רוב הקצינים חלקו את גורלם הטרגי של כמה אלפי פולנים, שמתו באירועי טבח, שעדויות להם נמצאו בין היתר בקטין, בחרקוב ובמידנויה.

קצינים יהודים של הצבא הפולני נהרגו בדומה לפולנים. הפקודה לרצוח יותר מ-21,000 קצינים פולנים – "על פריקת בתי הכלא של ה-NKVD של ברית המועצות וה-BSSR" ניתנה ב-22 במרץ 1940 על ידי לברנטי בריה בהוראת יוזף סטלין. רצח האסירים נמשך מאפריל עד סוף יוני. האסירים נהרגו בירייה בחלק האחורי של הראש. רבים מהם היו קשורים בידיהם מאחורי הגב. כמה מאות קצינים ממוצא יהודי קיפחו את חייהם, ביניהם הרב הראשי של הצבא הפולני, רס"ן ברוך שטיינברג. קציני הצבא הפולני היו אליטה אינטלקטואלית נאמנה למדינה הפולנית, ולכן התייחסו אליהם הסובייטים כאל גורם עוין במיוחד לקומוניזם וככזה שנועד להשמדה.