במשך שנים רבות, הרציחות ההמוניות שביצעו הגרמנים נגד הפולנים של פומרניה ב-1939 לא עניינו היסטוריונים. בינתיים, עבור הפולנים, במיוחד עבור האליטה הרחבה מאזור זה של פולין, פרוץ מלחמת העולם השנייה סימן את תחילתו של אסון היסטורי גדול. עבור הגרמנים שחיו בפומרניה, לעומת זאת, זה היה יום ה"שחרור מהשלטון הפולני". בשנת 1939, על פי הערכות היסטוריונים, בין 20,000 ל-50,000 בני הלאום הפולני והיהודי נהרגו בידי הגרמנים בגדנסק פומרניה.
כאשר החיילים הגרמנים הראשונים נכנסו לפומרניה, החלה מה שנקרא "פעולת דה-פוליניזציה" (Entpolonisierung). היא כללה השמדה פיזית המונית של פולנים, בעיקר אזרחים, על ידי גופים צבאיים וחצי-צבאיים שונים, כולל הוורמאכט. לפי הערכות, מתוך 16 אלף בני הלאום הפולני שהוצאו להורג בספטמבר 1939, לא פחות מ-11 אלף הגיעו מפומרניה. אלברט פורסטר, מושל מחוז הרייך של גדנסק-פרוסיה המערבית, היה אחראי מבחינה פוליטית לניצוח על תהליך ההשמדה.
מי עוד השתתף ברציחות של פולנים? מתברר שהיו גופים גרמניים רבים שהיו מעורבים בהשמדת אזרחים פולנים. עוד בתקופת בין המלחמות, הוקמה בעיר החופשית גדנסק יחידת התקיפה של SS-Wachsturnbann “Einmamm”, שלאחר ההתקפה על פולין ב-1939 השתתפה בקרבות בגדיניה ובאוקסיבי, ולאחר מכן רצחה את מגיני סניף הדואר של גדנסק וגירשה את תושבי גדיניה. מאוחר יותר היא לקחה חלק ברצח האוכלוסייה הפולנית באזורים אחרים של פומרניה. משימה כזו ניתנה גם לקבוצות המבצעיות של משטרת הביטחון ושירות הביטחון – איינזצגרופן IV ו-V. הם היו המקבלים את דבריו הפושעים של ריינהרד היידריך, כאשר קבע שיש לנטרל את שכבות ההנהגה הפולניות ולירות באנשים או לתלות אותם, ללא חקירה. הוא הוסיף כי יש 'לחסל' את האצולה, את הכמורה ואת היהודים. גם המורדים של פולין הגדולה היו קבוצה חשובה מבחינת מדיניות ההשמדה הגרמנית.
על מנת להגדיל את מספר הקורבנות, הוקמה ב-12 בספטמבר 1939 כיתת הוצאה להורג עצמאית, איינזצקומנדו 16, המורכבת מקציני גסטפו מגדנסק. עם זאת, תפקיד מיוחד במנגנון הטרור מילאו גרמנים רגילים, שכנים של הפולנים, שפעלו בפיקוח ה-SS. בתחילה הם התקבצו ביחידות משמר אזרחי שהורכבו מפולקסדויטשה, ולאחר מכן הוקמה הסלבשטשץ, או ההגנה העצמית הגרמנית. בסופו של דבר הוקם הפולקסדויטשר סלבשטשץ. בראש הארגון עמד בן חסותו לשעבר של הימלר, לודולף פון אלוונסלבן. היה זה משמעותי ש-38,000 גרמנים בפומרניה, כמעט כולם גברים בני 17 עד 45, הצטרפו לגוף הזה.
טכניקת ההרג הייתה משוכללת בהחלט. מעצרים בוצעו לעתים קרובות בלילה. לפעמים נצטוו פולנים להתייצב במשרדים במסווה של מילוי חובה רשמית כלשהי ונתפסו שם. בתי המעצר התמלאו במהירות באזרחים פולנים, וכשלא היה מספיק מקום הוקמו מחנות מעצר. התנאים שם היו קשים, במיוחד כשחלק מהאסירים עונו ונשים נאנסו.
במחנות ובמרכזי המעצר התקיימו מה שנקרא בתי משפט לעם. הפולנים קראו להם מורדקומיסיון. השם נבע בעיקר מהעובדה שמהר מאוד הובן שניתן להחליט על הוצאתו להורג של אדם בעל אזרחות פולנית על ידי עדותם של שני פולקסדויטשה בלבד המאשרים את עמדתו האנטי-גרמנית של אסיר פולני.
למרות ש"מכונת המוות" עבדה במלוא המהירות, פון אלוונסלבן לא היה מרוצה מתוצאות הכפופים לו. הוא האמין שהם רוצחים מעט מדי אנשים. באחת הפגישות השבועיות של הסלבשטשץ ב-1939, הוא טען ש'זה יהיה כבוד לכל פולני להפרות את אדמת גרמניה בגופתו'.
ממקומות מעצרם נשלחו בעיקר פולנים מואשמים לירייה. הם מתו בבורות מוות אנונימיים, ביערות, בשדות, נקברו באזורי חצץ ובורות חול ובבתי קברות יהודיים. עם זאת, הם לא מתו רק מכדורי האקדחים והרובים. הם גם נרצחו עם מכשירים קהים, כמו אתים. יעידו על כך גולגולות מרוסקות רבות שהתגלו במהלך חפירות. ליד אחת מהן ציינו החוקרים: "גולגולת של ילדה עם שאריות של צמות שחורות. על הגופה נעלי עקב נמוכות ושרידי לבוש רקוב".
הגרמנים חזרו לסוגיית פעולת ההשמדה בפומרניה רק בשנת 1943. מימוש התבוסה הצבאית בברית המועצות, והקשבה להחלטות ועידת טהרן, וכן התבוננות בתגובת העולם להוצאת הקבר בקטין, גרמו לכובש הגרמני להתחיל למחוק את עקבות פשעיו בפומרניה. לשם כך יצא לדרך מבצע 1005 בהנחיית לשכת הביטחון הראשית של הרייך. מטרתו הייתה לחפור את הגופות מבורות המוות ולהשמיד באופן בלתי הפיך את גופות הנרצחים. פעולות אלו בוצעו ברחבי מרכז ומזרח אירופה.
בשנת 1944 הצליח זונדרקומאנו 1005 להרוס עד 30 אתרי הרג המוני. בפומרניה, למשל, השתתפו בעבודה זו אסירים ממחנה שטוטהוף ויהודים. גם עדים אלה לפשעים נרצחו. באופן טיפוסי, האפר שנותר מהקורבנות השרופים סונן במסננות מיוחדות מכיוון שחיפשו חפצי ערך שהיו לנרצחים….
טבח פומרניה ב-1939 היה פעולת ההשמדה הגרמנית הראשונה שבוצעה בפולין לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה. רק כ-10,000 קורבנות זוהו בשמם.