כשפרצה מלחמת העולם השנייה, מגדלנה גרודצ'קה-גוז'קובסקה הייתה נערה. היא הכריזה מלחמה אישית על היטלר והצטרפה למחתרת הפולנית. היא גם סייעה ליהודים נרדפים.
מגדלנה גרודז'קה-גוז'קובסקה הייתה בת 14 כאשר גרמניה פלשה לפולין ב-1 בספטמבר 1939, פרוץ מלחמת העולם השנייה. למרות האסון שהכה בפולין ובעולם, היא המשיכה ללמוד. היא למדה במה שנקרא שיעורים סודיים. זו הייתה דרך חינוך מיוחדת בפולין הכבושה שאורגנה בסתר מפני הפולשים. בנסיבות אלה היא עברה את בחינת הבגרות והחלה בלימודי הרפואה.
כבר בשנה שלאחר מכן, לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, היא הצטרפה לגופים של מדינת המחתרת הפולנית ולהגדרתה הכריזה מלחמה אישית על היטלר. בין היתר, היא השתייכה לאיגוד המאבק המזוין-צבא הבית. היא פעלה כקצינת קישור, נשאה הודעות ועזרה לנמלטים לחצות את הגבול הירוק. היא גם תרגמה מידע מה-BBC. ב-1942 היא הצטרפה לקבוצה שהוציאה לפועל עונשים שהטילו בתי דין מיוחדים של המחתרת הפולנית על אנשים שבגדו ושיתפו פעולה עם הכובש הגרמני. ב-1944 היא השתתפה במרד ורשה – המרד האנטי-גרמני המזוין הגדול ביותר במלחמת העולם השנייה.
אחת מפעילויותיה כללה שיתוף פעולה עם המועצה לעזרת יהודים "ז'גוטה" – ארגון מחתרתי פולני שעסק בהצלת יהודים שנרדפו על ידי הגרמנים. גרודז'קה-גוז'קובסקה לימדה יהודים מבוגרים כיצד עליהם להתנהג כדי שהגרמנים לא יזהו שהם יהודים. הנחית כאלה היו שימושיות במיוחד עבור אנשים שהשיגו מה שנקרא מסמכים אריים שהיו מסמכים מזויפים המאשרים שאדם אינו יהודי או שהיה נוצרי. גרודז'קה-גוז'קובסקה לימדה את היהודים לא רק תפילות קתוליות, אלא גם דאגה לפרטים כמו לבושם או דרך הליכתם.
"לימדתי נשים יהודיות ללכת ככה. בהתחלה הן היו מבועתות לגמרי, הראיתי להן איך עושים את זה. סוף סוף הן הבינו שהכובע לא אמור להיות ככה, אלא ככה, כדי שהפנים ישתזפו", אמרה בראיון לאחד האתרים.
גרודז'קה-גוז'קובסקה טיפלה גם בילדים יהודים שהצליחו להימלט מגטו ורשה. מאוחר יותר, לאחר מלחמת העולם השנייה, היא הפכה למטפלת בילדים על הספקטרום האוטיסטי.
בשנת 2008 הוענק לה אות "חסידת אומות העולם" מטעם יד ושם.
היא נפטרה ב-6 בינואר 2014.