מעטים יודעים שיז'י קלוגר למד באותה כיתת תיכון כמו יוחנן פאולוס השני, והיה חבר שלו. בבגרותו הפך למהנדס ואיש עסקים. חייו היו בסימן האכזריות של הכיבוש הגרמני. הוא לחם נגד הגרמנים בקרב מונטה קאסינו.
קלוגר נולד בקרקוב ב-4 באפריל 1921 למשפחה של יהודים משכילים. יז'י היה תלמיד בבית הספר התיכון וודוביץ (1930-1938). שם הוא פגש והתיידד עם קרול וויטילה – האפיפיור והקדוש לעתיד, יוחנן פאולוס השני.
"יהיה צורך להזכיר כאן את הידידות שלי עם אחד מהם, כלומר עם יז'י קלוגר. היא נמשכה מספסל הלימודים עד היום", אמר יוחנן פאולוס השני ב-1994.
נעוריו של יז'י עמדו בסימן הטרגדיה של מלחמת העולם השנייה. הגרמנים רצחו את אמו, אחותו וסבתו במחנה ההשמדה אושוויץ-בירקנאו. לאחר שגרמניה פלשה לפולין ופרצה מלחמת העולם השנייה, התכוון קלוגר להתגייס עם אביו לצבא הפולני. לרוע המזל, הם נעצרו על ידי מנגנון ה-NKVD הסובייטי ונכלאו בגולאג.
לאחר חתימת ההסכם בין ממשלת הרפובליקה של פולין הגולה לבין ברית המועצות, הצטרף קלוגר לחיל הצבא הפולני, בפיקודו של הגנרל ולדיסלב אנדרס. הוא לחם עם צבא זה נגד הנאצים הגרמנים, כולל באיטליה בקרב מונטה קאסינו.
לאחר המלחמה המשיך את לימודי ההנדסה באנגליה ובאיטליה. הוא גם הקים חברה להתקנה ויבוא של מכונות הובלה. בשנות ה-50, הוא ואשתו רנה (והחברה) עברו מבריטניה לרומא.
במהלך כהונת האפיפיור יוחנן פאולוס השני, קלוגר סייע לו בשיחות הדיפלומטיות בין הוותיקן לישראל. הוא גם סייע לו בהכנות לביקור הראשון שאי פעם בלתי נשכח בבית הכנסת של ראש הכנסייה הקתולית (רומא, 1986). האפיפיור הטביל את נכדתו של יז'י, קיארה.
בשנת 2003 העניקה לו מועצת הנוצרים והיהודים הפולנית את התואר "איש הפיוס".
יז'י קלוגר מת ב-31 בדצמבר 2011 בבית חולים ברומא בגיל 90 ממחלת אלצהיימר.