הנריק הלקובסקי נולד בקרקוב ב-1951, למד על ההיסטוריה של יהודי קרקוב, ובעיקר רובע קז'ימייז', כבר בגיל צעיר בזכות סבו, שסיפוריו חיזקו את זיקתו של הנריק למסורת היהודית והשפיעו על התעניינותו בנושא בחייו הבוגרים. הוא כתב על יהודי פולין בתשוקה ובכישרון.

הלקובסקי נולד למשפחה יהודית. אמו, סלומה, הייתה צאצא של הירש ברוך אנגלברג, בעל חנות ספרים בטרנובז'ג, ואביו, סטניסלב הלקובסקי (סלומון הוכמן), שהגיע מלודז', ייצג את מסורות הסוחרים. אמו, כגלותית, שרדה את מלחמת העולם השנייה בסיביר, ואילו אביו שרד את השואה, בהיותו אסיר ב-12 מחנות ריכוז גרמנים. הלקובסקי הצעיר נקרא הנריק לכבוד סבו וסבתו.

לאחר שהשלים את לימודיו בבית הספר התיכון המלך יאן השלישי סוביסקי בקרקוב, המשיך הלקובסקי ללמוד אדריכלות באוניברסיטה לטכנולוגיה של קרקוב. הוא סיים את לימודיו בשנת 1978. במקביל החל ללמוד פילוסופיה באוניברסיטה היגילונית, וקיבל את התואר השני בשנת 1986.

תוך כדי שלמד פילוסופיה הוא נסע לישראל ב-1981, וניסה ללמוד עברית במשך 8 חודשים. בתקופה זו עבד בקיבוץ. הטיול חיזק את זיקתו להיסטוריה ולתרבות היהודית.

במחצית השנייה של שנות ה-80 השתלב באופן פעיל בעבודת סניף קרקוב של האגודה החברתית והתרבותית של יהודי פולין, ובפעילות הקהילה הדתית היהודית בקרקוב, שהוקמה ב-1993. הוא גם שיתף פעולה עם קרן לאודר. פעילותו תרמה להקמת פסטיבל התרבות היהודית בקרקוב ב-1988.

מסוף שנות ה-90 החלו להתפרסם יצירותיו ההיסטוריות החשובות ביותר על קרקוב, קז'ימייז' היהודית והמסורת והתרבות היהודית. המחקרים המפורסמים ביותר היו "אגדות מהעיר היהודית בקז'ימייז' ליד קרקוב" ולאחר מכן "יהודים בקרקוב. ​​700 שנות היסטוריה", וכן "קרקוב היהודית. אגדות ואנשים". הפעילות ההיסטורית לוותה בעבודה עיתונאית. מורשת זו הפכה למקור לאמרה המפורסמת ש"אין קרקוב בלי הנריק הלקובסקי ואין הנריק הלקובסקי בלי קרקוב".

הלקובסקי היה גם מומחה לפילוסופיה של אברהם יהושע השל, והיה הראשון בפולין לתרגם את ספריו מאנגלית לפולנית.

המקדם הבלתי נלאה של ההיסטוריה והתרבות היהודית, מת בפתאומיות מהתקף לב ב-1 בינואר 2009 בקרקוב, והותיר אחריו מורשת עשירה שכללה יצירות רבות מסוגים שונים בנושא.