ההיסטוריה של מסלול קרקוב-וילנה מתחילה בימי הביניים. טיילו בו מלכים, דיפלומטים, אבירים, אנשי דת, מדענים, אומנים, פקידים וסוחרים. כדרך החשובה ביותר דרך שטחה של מדינה משותפת, השביל קשר לא רק את פולין וליטא אלא גם הפך לאחד הנתיבים החשובים בעולם באותה תקופה, שחיבר את המערב והמזרח.

בשנת 1383, העניק הדוכס הגדול הליטאי יגלו לסוחרי לובלין את הפריבילגיה להיכנס באופן חופשי לליטא למטרות מסחריות. עד מהרה סללו שליחים משותפים את הדרך לאיחוד הפולני-ליטאי. בשנת 1386 עזב יגלו את ווילנה לקרקוב. לאחר שחצה את גבול פולין-ליטא הגיע ללובלין, שם נתמך על ידי האבירים הפולנים. יחד עם פמלייתו, הוא נסע לבירת פולין דאז, שם, לאחר הטבלה קתולית ונישואים למלכה יאדוויגה, הוא קיבל את הכתר המובטח של ממלכת פולין. משלחת זו החלה את שנות הזוהר של המסלול המחבר בין בירות פולין וליטא. שמו של המסלול מגיע ממייסד השושלת היגלונית.

זו הייתה גם תחילת המאמצים ליצור מדינה פולנית-ליטאית משותפת, שהוכתרה באיחוד לובלין, והסתיימה ב-1569 בטירה בלובלין. האיחוד היה הישג חדשני ומתמשך של מערכת המשפט של חבר העמים, המבוסס על ערכים רפובליקניים, סובלנות והגנה מפני אויבים (בעיקר מוסקבה). מכאן ואילך, לשתי המדינות היה שליט אחד, פרלמנט כללי משותף, מדיניות הגנה וחוץ ומטבע. המדינה המשותפת הייתה מיושבת על ידי פולנים, ליטאים, רותנים, יהודים, ארמנים, טטרים, סקוטים וגרמנים.

בשנת 1570 פורסמה בוונציה מפה של חבר העמים של אותה תקופה מאת אנדז'יי פוגרבקה. הקו המחבר את קרקוב לווילנה נראה על המפה. ניתוח המקורות ההיסטוריים איפשר שחזור של גרסאות שונות של השביל (כולן נפגשו בלובלין), שהיה פופולרי במשך למעלה ממאתיים שנה.

קריסת "הכביש המהיר" הפולני הישן הייתה יוזמה שהחלה בעקבות העברת הבירה הפולנית לוורשב ב-1611. למרות זאת, לשביל היגלוני היה תפקיד מרכזי בתהליך האינטגרציה של פולין וליטא. נכון לעכשיו, הוא הופך להיות שוב פופולרי מאוד כמסלול תיירות בינלאומי. שני הקצוות שלו, קרקוב ווילנה, הם מתחמים עירוניים היסטוריים שנכנסו לרשימת אונסק"ו.