В 1940 году в Варшаве и Гдыне была создана конспиративная организация моряков для ведения антигерманской военно-морской разведки. В 1941 году эта группа попала к главнокомандующему Союза вооруженной борьбы генералу Стефану Ровецкому «Гроту». Благодаря этому вооруженная структура Польского подпольного государства в Главном штабе создала дивизию морской пехоты под кодовым названием «Альфа».
Морские отряды первоначально вступили в заговор в рамках Союза за восстановление Республики. Их бесспорным лидером был капитан-лейтенант Антоний Гневецкий «Витольд». Организация занималась наблюдением за немецким флотом. Информация поступала на «базу», которая располагалась в одном из варшавских магазинов на площади Трех Крестов. Секретная переписка перевозилась на кораблях по речным путям.
Когда в 1941 году морякам удалось связаться с главнокомандующим тогдашнего Союза вооруженной борьбы (позднее — Армии Крайовой), они были включены в официальную структуру польского подполья. В апреле 1942 года начала действовать морская дивизия штаба армии внутренних дел с шифром «Альфа», а позже «Устрица», которую возглавил А. Гневецкий. Организационно он подчинялся командующему Западным округом АК. В задачи «Альфы» входило ведение непрерывной военно-морской разведки и подготовка моряков к действиям на побережье и в портах во время народного восстания, а также создание военно-морских отрядов.
В 1944 году «Альфа» состояла из 51 офицера, 153 унтер-офицеров и матросов, восьми гражданских служащих и 18 женщин, то есть всего 230 человек. Отдел делился на следующие отделы: организационный и мобилизационный, разведывательный, а также имел санитарный отдел, который занимался подготовкой госпиталя «Альфы», сбором медикаментов.
Во время Варшавского восстания морская дивизия планировала занять Черняковский порт на Висле. Для этого ей удалось сформировать боевое подразделение под кодовым названием «Щука», которым командовал Владислав Мациох «Мизио». В него также вошла команда мастерских Речной верфи на Висле, насчитывавшая более 50 человек. Также во время восстания сражался инициатор создания «Альфы». A. Гневецкий. Задачей части, помимо захвата порта, было дать возможность повстанцам переправиться через Вислу.
Польский флот, как и военно-воздушные силы Армии обороны, не сумел воссоздать свои структуры во время оккупации. Моряки воевали в основном в пехотных структурах, в разведывательных службах и средствах связи.