Во время немецкой оккупации с 1939 года в тюрьме Люблинского замка умерли или были убиты более 2 200 человек. Еще около 4 500 заключенных были убиты в ходе казней в Люблине и его окрестностях. Последнее убийство было совершено немцами за несколько часов до того, как они покинули Люблин до полудня 22 июля 1944 года.

В период 1939-1944 годов тюрьма Люблинского замка (здание также выполняло эту функцию в период царской России и Второй Польской республики) служила главной тюрьмой Люблинского округа Генерального правительства Германии.  Он быстро стал местом казни десятков тысяч людей и считался одной из самых тяжелых тюрем в оккупированной немцами Польше. В период с 1939 по 1944 год нацисты заключили здесь более 40 000 человек. Условия, царившие в тюрьме, также способствовали высокой смертности среди заключенных. Камеры были значительно переполнены. Заключенные, подвергавшиеся жестоким расследованиям, часто были лишены элементарной медицинской помощи. В межвоенный период вместимость тюрьмы составляла 700 заключенных. Однако во время оккупации немцы часто теснили почти 2 500 человек в одних и тех же комнатах. В период с 1939 по 1944 год более 220 человек были убиты или умерли на территории тюрьмы. Еще 4 500 человек были казнены во время расстрелов в Люблине и в окрестных городах. Более 18 000 заключенных были отправлены в концентрационные лагеря, где погибло более 3500 человек. Среди заключенных в тюрьме Люблинского замка были солдаты польского движения сопротивления, представители довоенной интеллигенции, священники и евреи.

Когда советские войска подошли к Люблину в июле 1944 года, немцы начали ликвидировать тюрьму. В течение трех дней с 19 по 21 июля 1944 года нацисты депортировали более 1100 человек, которые были либо убиты в КЛ Майданек — Люблин, либо отравлены газом по дороге в специально подготовленных вагонах. 22 июля 1944 года в 9 часов утра в тюрьму прибыла группа гестаповцев во главе с гауптштурмфюрером СС Германом Вортоффом. Немцы пробрались в одну из палат, где начали расстреливать заключенных через решетки. Затем они убили евреев (включая женщин и детей), работавших в тюремной портновской мастерской, а потом привели туда заключенных из других камер и там их убили. Более 300 заключенных погибли в ходе резни, которая продолжалась два часа. Около полудня все немцы покинули тюрьму. Вскоре сюда стали заходить жители Люблина, разыскивающие своих близких. Около 170 убитых были увезены и похоронены их семьями. Остальные были похоронены в братской могиле у южного подножия замка. Оттуда они были эксгумированы на кладбище на улице Липова в Люблине в конце февраля 1954 года.