Еврейский научный институт, созданный в Вильнюсе, одном из крупнейших польских городов Второй Польской республики, стал ведущим еврейским научным учреждением в межвоенной Европе. Это была новаторская междисциплинарная организация, которая проводила современные исследования на языке идиш, публиковала исторические, этнографические и социологические работы. Она также документировала материальные следы еврейской культуры.
В феврале 1925 года филолог Нахум Штиф, живший в Киеве, в ходе работы над языком идиш пришел к выводу о необходимости создания учреждения, в котором еврейские преподаватели и журналисты могли бы пополнять свои лингвистические знания. Оно должно было быть неуниверситетским, чисто академическим и состоять из четырех секций: еврейской филологии, еврейской истории, социально-экономических вопросов и педагогики. Штиф считал, что Вильнюс будет подходящим городом для головного офиса, тем более что он назывался «Литовским Иерусалимом».
В Вильнюсском городском совете с 1919 г. существовал Клуб израильтян, усилиями которого в 1923 г. Совет принял решение о постоянном выделении субсидий из городского бюджета на частное еврейское образование. Штиф предложил создать целую систему разбросанных по разным странам институтов, которые подчинялись бы единому штабу, местом расположения которого был выбран Вильнюс.
Институт, основателем и руководителем которого стал лингвист и общественный деятель Макс Вайнрайх, ставил перед собой следующие задачи: «сосредоточение научной работы в области еврейского языка, прежде всего исследований в области еврейского языка и литературы», «обучение научных работников» и «фиксирование всех проявлений еврейской культурной жизни во всем мире». 1 сентября 1927 г. объединение было официально зарегистрировано как Общество друзей Еврейского научного института в Вильнюсе. Основатели YIVO пошли по пути создания обществ друзей института в разных странах для сбора средств на его функционирование. Окончательное организационное оформление институт получил на конференции, состоявшейся 24-27 октября 1929 г. в Вильнюсе с участием представителей Польши, Литвы, Латвии, Эстонии, Румынии, Германии и США. Тогда создано и Почётное бюро, в которое вошли такие всемирно известные личности, как Альберт Эйнштейн и Зигмунд Фрейд. Еврейские общины и городские власти Польши заинтересовались деятельностью вуза и стали оказывать ему финансовую поддержку. Городской совет Вильнюса предусмотрел в городском бюджете ежегодную субсидию в размере 3 тыс. злотых.
В 1926 г. был создан Библиографический штаб YIVO, который регистрировал всю печатную продукцию, изданную на еврейском языке, иврите и других языках по еврейской тематике. В 1931 г. институт также начал издавать ежемесячный журнал Jiwo Bleter как объединенный орган всех секций: филологической, исторической, экономико-статистической, психологической и педагогической. Создание и деятельность YIVO были замечены и оценены в польском научном сообществе. В апреле 1931 г. профессор Мечислав Лимановский дал высокую оценку созданию института по вильнюсскому радио: «Работа института привлекла к нему, а значит, и к Вильнюсу внимание всего еврейского мира. Десять миллионов человек, говорящих на еврейском языке, считают Вильнюс своим центром. Мы в Вильнюсе проявляем особый интерес к развитию Института, поскольку знаем, насколько важны для города учреждения общечеловеческого значения». Общества друзей YIVO существовали во многих польских городах, в том числе в Варшаве, Лодзи, Львове, Кракове, Белостоке и Люблине. Польские власти в целом благосклонно отнеслись к инициативе создания института в Вильнюсе. С другой стороны, они опасались наплыва коммунистической литературы из Советской России.
К 1939 г. деятельность YIVO значительно расширилась. Тогда был организован Художественный музей, располагавший большим количеством ценных картин. Театральный музей, созданный в 1931 г., насчитывал десятки тысяч фотографий, афиш, макетов и т.д. В Библиографическом центре насчитывалось более 200 тыс. a в библиотеке — более 40 тыс. единиц хранения (в том числе много уникальных и редких экземпляров), в архиве — несколько тысяч рукописей, около 100 тыс. плакатов, листовок, уставов и отчетов общественных организаций. Материалы Фольклорной комиссии насчитывали более 100 тыс. единиц хранения фольклора (описи пословиц, народных поверий, детских произведений, песен, анекдотов, сказок, праздничных обычаев, этнографических предметов). Отдел изучения молодежи собрал более 600 автобиографий молодых людей в возрасте от 17 до 22 лет из более чем 150 городов. YIVO в 1937 году поддерживали Общества друзей в 20 странах мира: ЮАР, Англии, Австрии, Бельгии, Бразилии, Чили, Китае, Эстонии, Франции, Канаде, Кубе, Литве, Латвии, Мексике, Палестине, Польше, Румынии, США, Швейцарии и Уругвае. Небольшие группы поддержки института существовали и в ряде других стран (кроме Советского Союза, где был создан ряд еврейских академических институтов в советском духе). YIVO издал 12 томов монографической серии и 57 выпусков информационного бюллетеня. Был также создан фонд для финансирования издания универсальной энциклопедии на еврейском языке (первые два тома вышли в конце 1934/35 г.).
Деятельность Института в Вильнюсе прекратилась в 1940 г. Во время немецкой оккупации его сотрудники были заключены в гетто, а значительная часть коллекции была уничтожена или разграблена. Некоторые наиболее ценные предметы удалось спасти, они были вывезены в Германию, а после войны переданы в Институт, продолжавший работать в Нью-Йорке.