Первые записи о еврейском поселении в Велюне относятся к 16 веку, но во время Речи Посполитой город получил привилегию, в соответствии с которой евреям не разрешалось селиться в его границах. Ситуация изменилась после разделов, когда Велюнь оказался в Пруссии, затем в Варшавском герцогстве, а позже в России.

На рубеже 18 и 19 веков десять еврейских семей переехали в Велюнь. Они собирались для религиозных практик в доме Тратела Давидовича, а позже в здании, купленном у ордена пиаристов. Пиаристы, которые руководили средней школой в Велюне, отличались своей открытостью по отношению к еврейской общине. Как вспоминает один из их учеников, Даниэль Нейфельд (1814-1874), они умело и тактично предотвращали разногласия среди детей по религиозным причинам. Пиаристы освобождали еврейских учеников от необходимости писать во время уроков, которые проводились по субботам из-за запрета последователям Моисеевой религии работать в этот день.

Еврейское население Велюня быстро росло. В 1850-х годах в городе проживало около 630 евреев из примерно 3800 жителей. В 1837 году было начато расширение бывшего здания пиаристов, чтобы оно служило синагогой. Строительство синагоги заняло несколько лет из-за скромных финансовых ресурсов. В середине века, в основном по инициативе и благодаря щедрости Иоахима и Саломона Кемпнера и Лейбы Кона, в Велюне было создано еврейское кладбище. Ранее умерших хоронили в Дзялошине. Решение о строительстве собственного кладбища было ускорено эпидемией холеры.

Еврейская община включала владельцев фабрик Велюня (хлопчатобумажная фабрика, маслобойня, мыловаренный завод, лесопилка), ремесленников, интеллигенцию и купцов. Они внесли значительный вклад в экономическое развитие города, используя возможности, предоставляемые его приграничным расположением и контактами с единоверцами, живущими по другую сторону границы в Пруссии.