Варшауэр занимался медициной и политикой. Как еврей, выступал за ассимиляцию соплеменников в польскую нацию. Как политик, он поддерживал стремление Польши к независимости в 19 веке.

Йонатан Варшауэр родился 2 марта 1820 года в Кракове. Там он учился в гимназии Святой Анны. В 1843 году получил степень доктора медицины на медицинском факультете Ягеллонского университета в Кракове. Однако занимался не только медициной. 

В 1846 году вспыхнуло Краковское восстание. Краков тогда находился в государстве под названием Краковская республика, которое зависело от Австрии, России и Пруссии. Эти три государства в XVIII веке провели три раздела Польши с применением насилия, что привело к исчезновению Польши с карты Европы. Краковское восстание было одной из нескольких попыток поляков вырваться за независимость. 

Восстание поддержал Ионатан Варшауэр. Он оказался не только прекрасным польским врачом еврейского происхождения, но и большим сторонником независимости Польши и ассимиляции евреев в польскую нацию. За поддержку Краковского восстания он был заключен в тюрьму. Варшауэр также был энтузиастом Познаньского восстания 1848 года, части Весны народов. В то время он призывал евреев Великой Польши поддержать польские стремления. 

В 1848 и 1866 годах был избран в городской совет Кракова. Однако его амбиции простирались выше, так как пытался стать членом Национального сейма, а также членом Венского государственного совета.  К сожалению, ему это не удалось — вероятно, из-за его горячей поддержки ассимиляции евреев с поляками. О его взглядах свидетельствует памфлет под названием «О полонизации галицийских евреев». Он также боролся с антисемитизмом в своих письмах. 

Варшауэр вел независимую медицинскую практику и публиковался в медицинских журналах. В 1880 году стал президентом Краковского медицинского общества. 

Умер 10 ноября 1888 года в Кракове.