ב-1940 הוקם בוורשה ובגדיניה ארגון מחתרתי של מלחים לניהול מודיעין ימי אנטי-גרמני. בשנת 1941, קבוצה זו מצאה את דרכה למפקד העליון של האיחוד למאבק מזוין, הגנרל סטפן רובצקי "גרוט". הודות לכך, השיקה הזרוע החמושה של מדינת המחתרת הפולנית במפקדה הכללית את דיוויזיית הים, בשם הקוד 'אלפא'.

בתחילה קשרו קבוצות ימיות קשר בתוך האיחוד לשיקום הרפובליקה. מנהיגם הבלתי מעורער היה סגן המפקד אנטוני גניבצקי "וויטולד". הארגון עסק בתצפית על הצי הגרמני. מידע זרם ל'בסיס', שהיה ממוקם באחת החנויות של ורשה בכיכר טשך קשיז'י. התכתבות חשאית הועברה בספינות דרך הנהר.

כאשר בשנת 1941 הצליחו המלחים ליצור קשר עם המפקד העליון של האיגוד למאבק מזוין דאז (לימים צבא הבית), שולבו במבנה הרשמי של המחתרת הפולנית. באפריל 1942 החלה לפעול הדיוויזיה הימית של מפקדת צבא הבית עם שם הקוד "אלפא", ולאחר מכן "אויסטר", בראשות א' גניבצקי. מבחינה ארגונית היא הוכפפה למפקד המרחב המערבי של AK. משימותיה של "אלפא" היו ניהול מודיעין ימי רציף והכנת מלחים לפעולות בחוף ובנמלים בזמן המרד הלאומי ויצירת גזרות ימיות.

"אלפא" ב-1944 כללה 51 קצינים, 153 מש"קים ומלחים, שמונה עובדים אזרחיים ו-18 נשים, או בסך הכל 230 עובדים. האגף חולק למחלקות: ארגון וגיוס, מודיעין, והייתה בו גם מחלקת בריאות, שהייתה אחראית על הכנת בית החולים "אלפא", ובין היתר איסוף תרופות.

במהלך מרד ורשה תכננה הדיוויזיה הימית לכבוש את נמל צ'רניאקובסקי על הוויסלה. לשם כך היא הצליחה להקים יחידה קרבית בשם הקוד "שצ'ופק", בפיקודו של ולדיסלב מאצ'יוך "מיזיו". היא כללה גם את צוות הסדנאות של מספנת הנהר על הוויסלה, שמנה יותר מ-50 איש. כמו כן, נלחם במהלך המרד היוזם של "אלפא" א.גניבצקי. משימתם, בנוסף ללכבוש את הנמל, הייתה לאפשר למורדים לחצות את הוויסלה.

הצי הפולני, כמו חיל האוויר של צבא הבית, לא הצליח לשחזר את המבנים שלהם במהלך הכיבוש. המלחים לחמו בעיקר במבני חי"ר, בשירותי מודיעין ובתקשורת.