ב-6 בנובמבר 1939 עצרו הגרמנים 183 פרופסורים פולנים ומדענים אחרים בקרקוב. רובם הועברו למחנה הגרמני בזקסנהאוזן. חלקם לא שרדו את המעצר שם.
לאחר תוקפנות הרייך השלישי נגד פולין נכבשה קרקוב על ידי הגרמנים ב-6 בספטמבר 1939. כבר מההתחלה הפעילו הכובשים טרור נגד תושבי העיר. על פי המדיניות הנאצית, פולין הייתה אמורה להיות מאגר של כוח עבודה זול או אפילו חינם, חיוני לתפקוד מכונת המלחמה. חלק מהשטחים הפולניים שנכבשו על ידי הרייך השלישי שולבו בו ישירות, ומהשאר הוקם באוקטובר 1939 הממשל הכללי (GG). בראש קוואזי-מדינה זו עמד הנס פרנק. קרקוב הייתה בירת פולין במשך שנים רבות לפני ורשה ויועדה כמקום מושבו של שלטון הכיבוש. האוניברסיטה הפולנית העתיקה ביותר, האוניברסיטה היגלונית (UJ), אשר במשך מאות שנים חינכה דורות על גבי דורות של פולנים והעסיקה מדענים מצטיינים ומכובדים בינלאומית, פעלה בעיר זו מאז 1364.
במחצית השנייה של אוקטובר 1939 החליטה הנהלת האוניברסיטה לפתוח מחדש את האוניברסיטה, והחליטה שתחילתה של שנת הלימודים החדשה תתקיים ביום שני, 6 בנובמבר (התאריך הוזז מאוחר יותר בשבוע ל-13 בנובמבר). טקס הפתיחה אמור היה להתקיים באופן מסורתי במיסה שנחגגה ב-4 בנובמבר בכנסייה האקדמית של סנט אן. רקטור האוניברסיטה היגלונית, פרופסור תדיאוש להר-ספלווינסקי, יידע את הלקומיסר הכובש של העיר, ארנסט זורנר, שכיהן בתפקיד מאז ה-27 בספטמבר 1939, ולא התנגד לתוכניות.
עם זאת, עמדה אחרת לגמרי ננקטה על ידי ברנהרד רוסט, שר המדע והחינו הגרמני, שבמכתב מ-31 באוקטובר 1939 שהיה ממוען למושל הכללי הנס פרנק, חייב אותו למנוע לחלוטין את חידוש השיעורים באוניברסיטה היגלונית. כדי להשיג זאת, החליטו הגרמנים לעצור פרופסורים ואנשי צוות אחרים באוניברסיטה. הם עשו זאת כחלק ממבצע שנקרא מאוחר יותר בפי היסטוריונים Sonderaktion Krakau, בעוד שהכובשים עצמם כינו אותו Aktion gegen Universitäts Professoren, שכן זו הייתה הסיבה למעצרים שהם כתבו בתיקי האסירים.
ב-3 בנובמבר 1939 פגש את פרופסור תדיאוש להר-ספלווינסקי בקצין ה-SS ברונו מולר, שהורה לרקטור לארגן פגישה עם צוות האוניברסיטה ב-6 בנובמבר. מולר היה אמור לתת הרצאה על עמדות גרמניות למדע ולהשכלה גבוהה. הרקטור, שלא חש בתחבולה, הודיע בחיפזון לצוות המדעי של האוניברסיטה על מועד הפגישה.
במהלך המאמץ המלחמתי בספטמבר, איש ה-SS היה מפקד איינזצקומנדו 2/I, יחידה שפעלה בעורף החזית בשלזיה עילית ובפולין הקטנה. חבריה היו אחראים לרצח האינטליגנציה הפולנית על סמך רשימות רדיפות בשלזיה עילית. מאוחר יותר מולר היה מעורב גם בהשמדת האוכלוסייה היהודית. לאחר תום מלחמת העולם השנייה, הוא נעצר על ידי הבריטים ונידון ל-20 שנות מאסר, אך הוא שוחרר ב-1953 ולא לקח אחריות על רוב הפשעים שביצע.
הרצאתו של מולר הייתה אמורה להתקיים ב-6 בנובמבר 1939 בחדר הרצאות 66 של הקולגיום נובום של האוניברסיטה היגלונית. בנייני האוניברסיטה הוקפו בעבר על ידי כוחות הביטחון הגרמניים, וקציני SS רבים שהו בבניין. בדיוק בשעה 12:00 ברונו מולר נכנס לאולם ומסר הודעה קצרה. כך המרצים שנכחו באודיטוריום זכרו את תוכן ההודעה: "האוניברסיטה כאן פתחה את שנת הלימודים האקדמית ללא קבלת אישור מהרשויות בגרמניה. זהו רצון רע. יתרה מכך, ידוע היטב שהמרצים תמיד היו עוינים למדע הגרמני. מסיבה זו, כל הנוכחים, מלבד שלוש הנשים, יועברו למחנה ריכוז. כל דיון או אפילו כל אמירה בנושא אינם מותרים. מי שיתנגד לביצוע הפקודה שלי יזכה בירייה".
באות שנתן מולר, קציני SS נכנסו לאולם והחלו להוביל את המדענים החוצה. חלקם ניסו למחות ולהשמיע התנגדויות. עם זאת, הדבר התקבל בתגובה אכזרית מצד הגרמנים, שבין היתר סטרו ובעטו בפרופסור סטניסלב אסטרייכר בן ה-70, לשעבר רקטור האוניברסיטה היגלונית.
כתוצאה מהזונדרקציה קרקאו, עצרו הנאצים 183 אנשים, רובם עובדי האוניברסיטה היגלונית. החוקרים שנעצרו היו גם מאוניברסיטאות אחרות בקרקוב, וגם מאוניברסיטת סטפן באטורי בווילנה או מהאוניברסיטה הקתולית של לובלין. הם כללו הרבה פרופסורים מדעיים בעלי כבוד בינלאומי.
העצורים נלקחו לכלא ברחוב מונטלופיך בקרקוב, ולאחר מכן נכלאו בצריפים הצבאיים לשעבר ברחוב מזובייצקה. בסוף נובמבר 1939 הם נלקחו למחנה זקסנהאוזן ליד ברלין. שם פגשו את רודולף הס, שהיה אז ראש המחנה הזה. הס הפך למפקד מחנה הריכוז החדש שהוקם באושוויץ באביב 1940. כתוצאה מלחץ דיפלומטי ופניות של חוגים אקדמיים זרים, שחררו הגרמנים את הפרופסורים שנולדו לפני 1900 בפברואר 1940; חלק מהאחרים הועברו למחנה הריכוז דכאו, משם שוחררו בהצלחה. למרבה הצער, 20 מהם לא שרדו כדי להשתחרר. בין היתר, פרופסור אסטרייכר הנ"ל ורבים אחרים מתו במחנה זקסנהאוזן בדצמבר 1939. הגרמנים רצחו מאוחר יותר את הפרופסורים ליאון שטרנבך ויואכים מטלמן, שהיו ממוצא יהודי.