האוניברסיטה התלמודית המשמעותית הראשונה בקרקוב נוסדה בסביבות שנת 1503 על ידי יעקב פולק. צרכי החינוך היהודי והוראת התלמוד הביאו להתפתחות הדפוס ברפובליקה של פולין לשעבר, אם כי עוד במחצית השנייה של המאה ה-16 עותקים של התלמוד עדיין היו דבר נדיר שם, וכתבים או הדפסים היו ברשותם של רקטורי ישיבה בלבד.
יהודי פולין חיו חיים אדוקים על פי התקנות הפולחניות-דתיות בתורה ובתלמוד, ומערכת שיפוט יהודית עצמאית נתנה פסקי דין בתיקים בין יהודים על סמך החוק התלמודי. עם התפתחות הישיבות הספרות הרבנית ברפובליקה שגשגה. השגשוג גם עבודות על פילוסופיה של דת, אתיקה, הומילטיקה ודידקטיקה. הוא הופיע בעיקר בצורת פירושים לתלמוד ולחוקיו. בנוסף, היו עבודות הקשורות למה שנקרא הקבלה המעשית.
בשנת 1534, בקז'ימייז' ליד קרקוב, ייסדו האחים שמואל, אשר ואליקים העליץ, בניו של חיים מהאליץ', את בית הדפוס היהודי הראשון בפולין ופרסמו את הספר הראשון בשפה היהודית – חיבורו של רבי אשר אנקלה מרכבת המשנה, המיועד לאבות משפחות ללמוד עברית. לאחר שלוש שנות פעילות הוטבלו האחים וסגרו את בית הדפוס עקב החרם על הקהילה היהודית.
סביב שנת 1547 הוקם בלובלין בית דפוס על ידי חיים שחור, שהיה בעבר מדפיס בפראג, אוגסבורג, אייכנהאוזן, הדרנהיים ליד פרנקפורט על המיין. ליוזמה היו סיכויי הצלחה גדולים, שכן לובלין לא רק הייתה ביתה של אחת הישיבות הטובות והמפורסמות בפולין, אלא גם אירחה ירידים מפורסמים בעלי שם בינלאומי, שמשכו מספר רב של יהודים, וגם הייתה שם חצר ירידים כבר משנת 1540.
בשנת 1550 המלך זיגיסמונד אוגוסטוס העניק זכות לפתוח בית דפוס יהודי בלובלין ליצחק בן חיים ויוסף בן יעקב, שהדפיסו, בין היתר, ספר תפילה לכל השנה לפי הנוסח האשכנזי. במהרה הובא מפראג לבית הדפוס בלובלין ציוד טיפוגרפי חדש, שאיפשר את הדפסת המהדורה הראשונה של ה"תלמוד הבבלי" בלובלין ב-1559-1577. עד לפתיחתו של בית דפוס יהודי חדש ואיכותי יותר בקרקוב בשנת 1568, בבעלות יצחק בן אהרון פרוסטיק, לובלין הייתה מרכז הדפוס היהודי בפולין במשך כמה שנים. בשנות השבעים והשמונים של המאה ה-16 פורסמו בקרקוב תרגומים של ספרים נבחרים מהברית הישנה: ב-1586 תורגמו ספר ישעיהו ותהילים על ידי משה סטנדל. בשנת 1622 הודפסה המהדורה השלישית של קרקוב לספר היידיש הנקרא ביותר לנשים, צאנה וראנה (צאו החוצה והסתכלו), שנכתב על ידי רבי יעקב אשכנזי מיאנוב.
בין המחצית השנייה של המאה ה-16 ואמצע המאה ה-17 פורסמו בבתי הדפוס לובלין וקרקוב ארבע מהדורות של התלמוד וחיבורים בודדים. רומנים של אבירות ורומנים בורגניים שתורגמו ליידיש, כמו "סיפור הרפתקאותיו של תיאודוריק מוורונה", זכו אף הם לפופולריות ניכרת ובדומה לכך גם סיפורים עם מוסר השכל.
בין הספרות הרבנית שפורסמה בתקופה זו, מומחים מבחינים בעבודות אפולוגטיות ופולמוסיות. בין המתפלמסים במאה ה-16 יעקב מבלז'יצ'ה, מומחה לספרות רבנית, אריאנית, קתולית ופרוטסטנטית, התפרסם בהגנתו על היהדות, תוך כדי פולמוס עם מרסין צ'כוביץ', נציג האחווה הפולנית. ראוי להזכיר שליהודים היה קשר אישי מאוד לספרים, התייחסו אליהם כאילו הםנכתבים בהשראה שמימית, ולכן כשכבר לא היו שמישים הם נקברו כאילו היו קרובי משפחה.
עבודות הקשורות לקבלה המעשית הפכו פופולריות בזכות יצחק לוריא אשכנזי (1534-1572), שחי בפלסטין וטען כי קבליסטים יכולים להשפיע על תופעות בטבע ובחברה באמצעות כוחו הקסום של הטקסט המקראי. הנציג הידוע ביותר של מגמה זו בקרב יהודי פולין נהיה יזאיאש הורוביץ מקז'ימייז', שקידם רעיונות של מיסטיקה וסגפנות ביצירתו "שני לוחות הברית", שפורסמה בקרקוב. אולם, תקופה הפופולריות של הקבלה המעשית בקרב יהודי פולין הגיעה רק במחצית השנייה של המאה ה-17, לאחר האסונות שפקדו אותם במהלך מרד חמיאלניצקי והמבול השבדי.