במהלך הפעולות הצבאיות בשטח פולין בספטמבר 1939 הגרמנים ביצעו כמה פשעים, שקורבנותיהם היו שבויי מלחמה ואזרחים חסרי הגנה. מבצעי הפשעים התברר כי הם לא רק חברים בארגון שהוקם במיוחד לפני התוקפנות הגרמנית ב-1 בספטמבר 1939 איינזצגרופן (קבוצות מבצעיות), אלא לעתים קרובות גם חיילי הוורמאכט.
פחות מעשרה ימים לפני ההתקפה על פולין, ב-22 באוגוסט 1939, ניתנו פקודותיו של אדולף היטלר במפגש של הפיקוד העליון בברכטסגאדן, פקודות שבוצעו בקפידה במהלך המערכה בספטמבר 1939.
"השמדת פולין נמצאת בעדיפות ראשונה. המטרה היא חיסול כוחות חיים, לא הגעה לקו מסוים. גם אם תפרוץ מלחמה במערב, השמדת פולין תהיה המטרה העיקרית. אני אתן סיבה תעמולה לפתיחת המלחמה -לא משנה אם זה סביר או לא. המנצח לא יישאל אחר כך אם אמרנו אמת או לא. במקרים של פתיחה במלחמה, לא החוק הוא שמחליט, אלא נצחון. היו ללא רחמים, היו אכזריים".
השגת המטרות הפושעות הנ"ל לא הייתה אפשרית ללא הקמת האיינזצגרופן (הקבוצות המבצעיות). המסגרת לפעילותם הוגדרה על ידי המשרד הראשי לביטחון הרייך (RSHA). ביולי 1939, על בסיס הסכם עם פיקוד הוורמאכט, הוקמו 5 יחידות איינזצגרופן, שהוקצו מאוחר יותר לכל אחד מהצבאות הגרמניים המתכוננים לתקיפת פולין. בספטמבר 1939 הוקמו שתי קבוצות נוספות בעקבות יחידות הוורמאכט לעומק פולין. משימתם הייתה לתפוס אנשים שנתוניהם הוכנו ברשימות האיסורים המבוססות על "רשימת אויבי הרייך", "Sonderfahndungsbuch Polen", שנוצרה ב-1939.
על בסיס הנחיות של אדולף היטלר עצמו, הייתה למפקדי האיינזצגרופן הזכות להחליט על הוצאתם להורג של עצורים החשודים בהתנגדות, גם ללא החלטה של בתי המשפט המהירים של המשטרה. רשימות האיסור כללו משתתפים במרידות שלזיה ובמרד פולין הגדולה. משערים שבתקופת ספטמבר-אוקטובר 1939 ערכו קבוצות אלו כמעט 1,000 הוצאות להורג, בהן נרצחו כ-50,000 בני אדם. המבצע כולו קיבל את שם הקוד 'טננברג', מה שסימן כנראה באופן סמלי נקמת דמים על התבוסה בגרונוולד בשנת 1410. כחלק מפעילות פלילית זו, קציני איינזצגרופן נתמכו לעתים קרובות מאוד על ידי חברי 'סלבשטשץ', מערך סמי-צבאי המורכב מנציגים של המיעוט הלאומי הגרמני שחיו בפולין.
בספטמבר 1939 בוצעו גם פשעי מלחמה נגד אזרחים חסרי הגנה ושבויי מלחמה על ידי יחידות הוורמאכט, ובתוכם שררה פסיכוזה אנטי-מפלגתית. הם ניזונו מתעמולה גרמנית שטענה שהפולנים הם אומה בוגדנית ורמאית. בלילה שבין ה-1 ל-2 בספטמבר 1939, פרץ קרב יריות בכפר הגבול טורז'נייץ' שבפולין הגדולה, שנכבש על ידי גרמניה, והביא למותם של שלושה גרמנים. ככל הנראה זו הייתה תוצאה של פאניקה ושל חיילי הוורמאכט שירו אחד על השני. עם זאת, סברו כי מדובר במתקפה של תושבים פולנים, שהביאה לרצח של 16 פולנים ולהצתת מספר מבנים. בבוקר ה-2 בספטמבר הורה מפקד גדוד הרגלים הגרמני ה-41 לאסוף את כל תושבי הכפר ולאחר הפרדתם נידונו כל הגברים למוות. עונש המוות בוצע מיד על כל נידון שני. בסך הכל נרצחו בדרך זו 19 בני אדם. במקביל, יחידה גרמנית נוספת שרפה כליל את הכפר השכן וישאנוב, ורצחה 22 בני אדם, בהם נשים וילדים.
ב-4 בספטמבר 1939 רצחו חיילים מדיוויזיית הרגלים ה-46 כ-500 אזרחים תושבי צ'נסטוחובה (פולנים ויהודים). הרקע היה זהה לזה שתואר קודם לכן בטורז'נייץ'. העצורים הוחזקו בכיכרות העיר ולאחר מכן נורו ונקברו בשוחות נ"מ. אף אחד מהמבצעים של הפשע הזה מעולם לא נענש בשום אופן. כמה ימים לאחר מכן נרצחו בבידגושץ' כמה אלפי פולנים. זאת כנקמה על אירועי ה-3 וה-4 בספטמבר, אז נהרגו 300 גרמנים (רובם חבלנים מאומנים שירו לעבר כוחות פולנים שנסוגו מהעיר).
עוד דוגמה לפשע הגרמני: ב-18 בספטמבר 1939 בשלאדוב, ליד סוצ'צ'ב, רצחו הגרמנים כ-300 בני אדם ליד נהר הוויסלה, מחציתם שבויי מלחמה והחצי השני תושבי הכפרים בסביבה. אחד הניצולים נזכר בפשע: "כשהם התחילו לירות, החיילים הפולנים התחילו לקפוץ לתוך הוויסלה. אני עשיתי את אותו הדבר, רק ההבדל היה שמיד נדחסתי מתחת לגדה ומשם יכולתי לראות היטב מה קורה על נהר הוויסלה. החיילים שחו, והגרמנים ירו עליהם כמו ברווזים, כך שאף אחד לא שרד". גם מבצעי הפשע האכזרי הזה נמלטו מאחריות, כמו, למרבה הצער, בפשעים רבים אחרים.