יהודים תחת הכיבוש הגרמני התנגדו למדיניות הנאצית. בתחילה ההתנגדות הייתה קיימת רק במונחים חברתיים ואזרחיים. עם תחילת השואה השתנו התנאים באופן קיצוני. משנת 1942 החלו לצוץ מבנים מיליטנטיים במטרה להילחם בגרמנים.

יוזמי הרעיון של קרב פיזי מול הכוחות הגרמניים העליונים באזורי הגטו היו צעירים יהודים. לשם כך החל משנת 1942 נוצרו מגעים עם ארגוני מחתרת פולנית בעלי אוריינטציה פוליטית מגוונת, נאסף חימוש, נבנתה מערכת בונקרים והוכשרו חברי המחתרת היהודית. בעיה קשה הייתה המחסור בנשק, שנקנה בעיקר בשוק השחור.

מכשול נוסף התברר כמחלוקות בתפיסת העולם בתוך המחתרת היהודית החמושה. חילוקי הדעות ניכרו בעיקר בגטו ורשה. הם עיכבו את גיבוש המחתרת היהודית. בסופו של דבר, הן הארגון היהודי הלוחם והן האיגוד הצבאי היהודי לחמו בנפרד במרד גטו ורשה (19 באפריל – 16 במאי 1943), נאבקים בגבורה על מוות בכבוד והישרדות. התנגדות מזוינת התעוררה גם בגטאות אחרים, כמו בדזין, ביאליסטוק, צ'נסטוחובה וקרקוב. ניסיונות להתנגדות מזוינת נרשמו גם למשל בנישווייוז'ה או טרנוב.

התפרצויות קבוצות חמושות במחנות ההשמדה התגלו כתופעה כזו. הן פרצו בטרבלינקה, סוביבור, אבל גם באושוויץ-בירקנאו, שם התרחש מרד ב-1944, כאשר חברי הזונדרקומנדו – 663 בסך הכל – התנגדו והציתו את קרמטוריום בירקנאו IV.

צורות אחרות של מאבק מזוין נגד הכובש הגרמני כללו את פרטיזני היער – בדרך כלל קבוצות עצמאיות או קבוצות קומוניסטיות בפיקוד סובייטי.