בית הכנסת היהודי בעיר הפנימית של גדנסק היה בניין מייצג. היה זה סמל לשייכותם של היהודים לקהילת העיר. לרוע המזל, עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ושילובה של העיר החופשית דנציג ברייך השלישי, הוא נאלץ להיעלם.
בית הכנסת הגדול בדנציג נבנה בין השנים 1885-1887, עם כספים שסופקו על ידי הקהילות היהודיות הרפורמיות של מחוזות העיר ווששץ', שופי, וויניצה, סטארה שקוטי ורחוב שרוקה. כדי להפוך את בית הכנסת לכמה שיותר מפואר, נלקחו מיטב האדריכלים של ברלין.
הבניין ניצב במרכז העיר, בחלק הייצוגי ביותר של גדנסק. הוא היה אמור להיות סמל לשייכות הקהילה היהודית לחברה העירונית. עד 2,000 איש יכלו להתאסף בבית הכנסת הגדול של גדנסק. הבניין היה מחובר לחשמל ומחומם.
גדנסק, שנמצאת כיום בגבולות פולין, הייתה שייכת לאימפריה הגרמנית בזמן בניית בית הכנסת. מדינה זו לקחה את האזור מפולין בכוח במאה ה-18 במהלך החלוקות. כאשר מלחמת העולם הראשונה הסתיימה ב-1918 ופולין השיבה את עצמאותה, לאחר 1920, גדנסק הפכה לעיר חופשית, בהיותה באיחוד מכס עם פולין. הפולנים היו אחראים על מדיניות החוץ וההגנה של העיר. הם הורשו להשתמש בנמל גדנסק וניהלו את מסילות הברזל ואת סניף הדואר. גרמנים רבים חיו בעיר והשפיעו בה רבות.
כשעלו הנאצים הגרמנים לשלטון בשנות ה-30, הוצב שומר מול בית הכנסת כדי להגן עליו מפני התקפות שכן היו שני ניסיונות להציתו. מחשש להרס, היהודים החלו למכור את ריהוט בית הכנסת לערים פולניות, כולל קרקוב וורשה. הארכיון נלקח לירושלים ואוסף הפריטים הקשורים ליהדות לארה"ב. אוסף הספרים מצא מחסה בווילנה, עיר שהייתה אז בפולין.
התפילה האחרונה נערכה שם ב-15 באפריל 1939. על הגדר המקיפה את בית הכנסת תלו הגרמנים כרזה עם הכתובת: "בוא מאי היקר ושחרר אותנו מהיהודים" ומיד בתחילת מאי 1939 השלטונות הגרמניים התחילו להרוס את בית הכנסת.
כיום, בחלק מאתר בית הכנסת לשעבר נמצא תיאטרון שייקספיר של גדנסק, ובאתר בית הכנסת שנהרס שוחזרו קווי המתאר של קירותיו.