בשנים 1941-1945 היה במצודה III מחנה חקירה ועונשין גרמני. הוא נחשב לתא העינויים הגדול ביותר בצפון מזוביה, שבו קציני הגסטפו ביצעו פעולות אכזריות בצורה קיצונית. כ-50,000 אסירים נעצרו במחנה ובכלא, ומתוכם 10-12 אלף נרצחו. פומייחובק היא אחת המצודות של מבצר מודלין, שנבנה בפקודת הצאר אלכסנדר השלישי בשנים 1883-1888. בתקופת בין המלחמות הוצב במתקן גדוד חי"ר 32, ומשנת 1926 הוא היה רק ​​מחסן תחמושת תחת השם מחסן חימוש מס' 1.

במהלך מלחמת העולם השנייה הפך המקום לאתר של רצח המוני והפסיק להיות קשור לפנינת האדריכלות הצבאית. אחד האסירים, שכבר היה במחנות גרמנים רבים, קבע כי בפומייחובק צוות המחנה הוא הדגנרט ביותר, והאסירים התייסרו בתנאים קשים – הם ישנו על רצפת בטון, לא היו חלונות בתאים הסגורים, אז הם סבלו מסירחון הדליים המלאים בצואה. בחלק מהתאים ששימשו כ"חדרי שינה", היו מים עד קרסוליים. נשים נאנסו במחנה, וה'בידור' הפופולרי של הקצינים היה לתת לכלבים ללעוס את האסירים או לתלות אנשים על ווים. פולנים ויהודים יצאו מהחקירות עם שברים בידיים, רגליים, צלעות, אפים ושיניים, ועיניים תלויות על בלימה.

נציגי החברה הפולנית כולה נכלאו במצודת פומייחובק, כולל איכרים, פועלים, יהודים ואליטת הצווארון הלבן של צפון מזוביה – רופאים, מורים, כמרים וחיילים של ארגוני מחתרת.

כשנפילת הרייך השלישי התקרבה, בינואר 1944, החלו המענים הגרמנים לטשטש את עקבות פשעיהם במקום הזה. בהוראת הגרמנים עסקה קבוצה של 16 יהודים בחפירת הבורות עם גופות הנרצחים, ואז שפכו פנימה בנזין ושרפו אותן. מערכת מחיקת העקבות תוכננה היטב – הם השתמשו במבנה מיוחד כדי להניח את הגופות לסירוגין עם שכבות של עצי הסקה. כך, בימי ינואר 1944, צחנת עשן חונק נדפה באזור.

כיום, קרן מצודה III פומייחובק אחראית על זיכרון המקום הזה.